“我们将不会重演上次发生的事”虽然寓言中人类灭亡的命运已成定局，但这时的冬月耕造拟出计划，他认为可以在“人类补完计划”发动前将其阻止，人类不必灭亡。
为达到此目的，他将付出此生的一切。
碇唯在随后的初号机试验中消失，所有人都认为是意外，可冬月心里明白碇唯知道一定会发生吞噬，她为了为了人类不被灭亡，儿子真嗣未来能幸福地活下去自愿将肉体和灵魂献祭给初号机。
碇源堂大受打击，他消失了一周之后主动找到冬月耕造，他产生一个几乎不可能实现的想法。
碇源堂不再抗拒，他主动向SEELE的基尔议长提议，全力执行人类补完计划。
他的剧本并不复杂：打败一切使徒→引发第三次冲击→开启人类补完→让自己成神→复活碇唯。
冬月耕造的剧本其实更简单：打败使徒→第三次冲击→在人类补完中插入否定关键人→补完失败，部分人类幸存。
冬月的最终目的是让人类能存活下来，碇源堂的目的是自己成神并复活碇唯，其他人当然也能有选择地活下来。只要不是照SEELE的剧本全人类毁灭变成一个新生命就行。
两人目标一致，一拍即合，成为有共同远大志向的同志，结成牢不可破的组合。
碇源堂作为人工进化研究所（Gehirn）的所长要将SEELE的资源尽可能的争取来，冬月耕造做他的副手筹划组织完善一切，要将一切可控因素牢牢把握好，要把击*使徒的关键机型与人类补完的关键人定为自己能控制的人，要成功地击*即将到来的十五个使徒。
2015年第三使徒来袭，此时的冬月耕造与碇源堂已经尽最大努力，他们身系人类未来，将与使徒战斗到底。
战斗开始，碇真嗣虽然第一次驾驶初号机，但初号机居然暴走击败使徒，碇真嗣与暴走的力量都在冬月计划的掌握之中。
