清朝有直隶厅、州和一般厅、州。凡统治地方人多并直隶于布政使司的为直隶厅、州，地位与府大致相同。厅设官同知正五品，通判正六品，州设官知州正五品，州同从六品，州判从七品。清朝在全国设有直隶厅四十一个，直隶州七十三个。其外的厅、州，称为散厅、州，地位略同于县。至清末，全国已设散厅七十八个，散州一百四十五个。散厅、州设官与直隶厅、州相同，而品级差一等。散厅、州属府管辖，个别的隶于将军或道员。县官县是地方基层政权机构。清末全国已设一千三百五十八个县。每县设官为知县一人，正七品，县丞正八品一人，主簿正九品，无定员。知县掌一县治理，主要是决讼断辟，劝农赈贫，讨猾除奸，兴养立教。县丞、主簿分掌粮马、征税、户籍、缉捕诸职。典史掌稽检狱囚。
府厅州县的职官，还有府厅教授，厅州学正，县教谕，府厅州县训导等，分别掌管各该地方学校的教育与教学。州县关津尚设巡检、驿丞、闸官及税课司大使、河泊所大使等。
清朝在西北蒙古、青海、新疆、西藏，西南四川、云南、贵州等少数民族聚居的地区，所建职官制度，既不同于京畿、东北和内地各省，在这些地区之间又有很大差别。
内外蒙古的盟旗制
清朝以大漠为界，将蒙古分为漠南内蒙古和漠北外蒙古，并以此为基础建立了盟旗制度。盟由各部定期会盟而形成的机构，旗是分解原来的部落而组成。旗隶于盟。内外蒙古的盟旗设官基本相同。每盟设盟长、副盟长各一人，掌管盟务。盟长先由各旗会盟时，从旗长即札萨克中推选。后来改为清朝理藩院开列盟内札萨克，由皇帝任命。其外每盟各设备兵札萨克一人，管理军务。有的盟还设帮办一二人，协理盟务。旗是军政合一的地方政权机构，每旗设旗长一人，又名札萨克，掌全旗要务。又设协理副之。其属有管旗章京、副章京及参领、佐领、骁骑校等官。札萨克等官员多数都是原来蒙古各部落的首领并经清朝封有爵位的王、贝勒、贝子、公、台吉等人。
内蒙古的盟旗是把原来的二十四部，按其活动地区划分为六盟、四十九旗。具体组合是，东四盟：哲里木盟统十旗，卓索图盟统五旗，昭乌达盟统十一旗，锡林郭勒盟统十旗；西二盟：乌兰察布盟统六旗，伊克昭盟统七旗。清朝在这些盟旗之上由理藩院及派驻地方的将军、都统进行管辖。他们是，盛京将军监督哲里木盟的科尔沁六旗；吉林将军、黑龙江将军监督哲里木盟的郭尔罗斯前旗和杜尔伯特旗等；热河都统监督卓索图盟五旗及昭乌达盟十一旗；察哈尔都统主要掌管察哈尔八旗及四牧群，其外监督锡林郭勒盟十旗；绥远城将军管辖土默特二旗并监督乌兰察布盟六旗及伊克昭盟的鄂尔多斯七旗。
