西藏的政教合一制
清代称藏族为图伯特，或唐古特，所居地区分为卫（前藏）、唐（又称喀木）、藏（后藏）、阿里（又名喇里）四部。崇德年间达赖及班禅已派人贡于清朝，经康熙至乾隆，先后平定噶尔丹叛乱及其所造成的影响，清朝在西藏便建立了政教合一的制度。当地的最高统治者为达赖喇嘛，驻前藏拉萨，掌全藏政令。班禅喇嘛，驻后藏扎伦布，掌后藏寺院与其教民。在宗教上班禅略低于达赖，在政权上达赖高于班禅。前藏行政机构主要有噶厦和商上。噶厦为总管藏务会议厅，设三品官噶布伦四人。商上为分管财政的机构，除以噶布伦一人管理外，设四品仔琫三人，商卓特巴二人。还有专掌粮务的叶尔仓巴、掌道路的朗仔辖、掌刑名的协尔帮、掌马厂的达琫及第巴等四至七品的各种名目官员。后藏也设四品商卓特巴、叶尔仓巴，五品达琫等官员，掌管相应的政务。武官则有四至七品的戴琫、如琫、甲琫、定琫，从几人至百多人。凡前后藏皆有营寨，按其地理险易和大中小，各设边营官及营官，总计一百六十余人。佛教在西藏盛行，喇嘛很多，有的喇嘛在噶厦、商上任职，而僧官又分国师、禅师、札萨克大喇嘛、札萨克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛等，专掌教事。
清朝在西藏设官始于雍正五年，派驻藏大臣二人，驻前藏，统管前后藏地方及喇嘛事务。后改为办事大臣、帮办大臣各一人，分驻前后藏。按规定，驻藏大臣督办藏内事务与达赖、班禅地位相等，实际驻藏大臣职权更大，是清政府的代表。达赖、班禅及以下呼图克图十八人、沙布隆十二人等活佛转世，称为“呼毕勒罕”，即奔巴金瓶抽签，均由驻藏大臣监督。
西南地区的土官制
甘肃、青海、西藏、四川、云南、广西、贵州等地，历来居住蒙、藏、瑶、壮、彝、黎等少数民族。清朝根据这些地区的特点，以当地的土著人作各级行政机构的长官，清朝政府予以承认，但是当官的人可以世袭，这就是土官制。有文武两类，文官如知府、知州、知县等，皆加“土”字。武官有指挥使司指挥使、长官司长官。从正三品至正七品。此外还有土游击、土都司、土守备等。清朝定制，文职土官共七阶，武职土官共五阶。其承袭、革除、升迁、降调，文隶吏部，武隶兵部。在地方上各归所在总督、巡抚或驻扎大臣、办事大臣等统辖。
