酵素菌具有很强的好气发酵分解能力，既能分解各种作物秸杆、树皮、锯沫等，又能分解化肥、农药等化学物质，还可分解页岩、沸石、膨润土等矿物质，使之在短时间内转化为可供植物利用的有效成分。
● 各种维生素、葡萄糖等：可直接被植物吸收，保证植物生长。
● 核酸、菌体蛋白：被植物吸收后，能促进细胞分裂和繁殖。
● 17种氨基酸、33种游离氨基酸、12种脂肪酸以及多种酶、生物刺激剂和其他营养物质：使土壤养分更加丰富，又是有益菌的良好培养基，加速有益菌繁殖。
● 未知生长促进因子(UGF)：促进植物生长发育。
● 酵素菌在土壤中还可形成有益微生物群体优势，抑制有害微生物繁殖：可明显减少作物病虫害及因有害微生物破坏导致作物的重茬病。
酵素菌肥料
制作各种酵素菌肥料是酵素菌技术在种植业上的主要应用方式，根据其功能和施用方法也可归类为土壤改良类(酵素菌堆肥、土曲子)、土壤施肥类(酵素菌粒状肥、液体肥料)和叶面施肥类。
酵素菌堆肥
常用作基肥控制土壤的病虫害传播，克服作物重茬病，生成大量腐殖质，改善土壤量化性状，增强土壤的保水保肥能力，提高地温，促使作物早熟。
制作方法：将各种有机物料、红糖、水及酵素菌的扩大菌按一定比例混合发酵而成的肥料，有机物料可以是作物秸杆，也可以是稻壳、木屑和草炭等，一般适用比例可参照上表。
①将秸杆铡成10~20cm；②往秸杆上反复喷水，使秸杆含水量达到约60%；③将干鸡粪或其他粪肥均匀撒在喷水后的秸杆上；④将红糖化开并同扩大菌米糠混匀后均洒在上述处理后的秸杆上；⑤如前述多层堆积达到1m多高再行翻拌然后堆成1.5m左右高的堆垛，用麻袋盖好，要避免水份蒸发和阳光直射；⑥夏季约1~2 天(冬季约3~4天)后，堆温升到50℃以上，1~2天后翻堆一次，如此翻4次后即成堆肥；⑦成肥后堆温缓慢下降，应将堆制成的肥料摊成10~20cm后阴干保存。
使用量：每亩2~4立方。
土曲子
也称普通粒状肥，是一种土壤活化剂，不但能培肥地力，还有一定的抑制有害病菌的作用，在果园和蔬菜地使用，会减少病虫害的发生。
制作方法：制作的原料与配比是页岩(或沸石)粉1000kg、米糠30kg、红糖1.2kg、酵素菌扩大菌4~6kg。
在室内水泥地面上制作，①将红糖倒入水中搅拌均匀，然后将页岩(或沸石)摊开，依次撒上米糠、酵素菌扩大菌后喷上红糖水，使含水量达45%左右(手握成团、撒手即散)，彻底拌匀后堆成60~100cm高的梯形堆并用麻袋或草帘盖好。②从做肥后2天开始翻堆，1~3天翻一次，共翻3~4次，发酵完成后及时干燥防止霉变并避免阳光直射。
使用量：每亩200~300kg，要均匀地施入耕层土壤中，避免直接撒施地表。
酵素菌粒状肥
主要有高级粒状肥、磷酸粒状肥、鸡粪粒状肥。高级粒状肥能促进作物生长，改善农产品品质。磷酸粒状肥能有效提高磷肥利用率，增强作物长势，可以用来培育幼苗，用磷酸粒状肥培育的秧苗健壮，根系发达。鸡粪粒状肥能够丰富氮源，有利于作物生长。
制作方法：与土曲子制作方法类似，适用比例可参照上表。
使用量：每亩100~200kg。
酵素菌液体肥料
施入土壤后，能促进作物根系生长，增强根系活力，特别是重茬地或土壤板结，土传病害严重的地块效果明显。
制作方法：把30~50kg的绿色植物放入大缸内，加水100kg，再加入豆饼5kg、米糠1kg，酵素菌扩大菌1kg，夏季发酵3~4天，冬季发酵7~10天，有气泡冒出即开始发酵，缸内液体黄绿色时即可使用。
使用量：取出发酵液体稀释100~200倍根际浇施或随水灌施。
酵素菌叶面肥
有增加植物营养和改善植物生理生化过程的功效，进而改善农产品品质，施用后还可以克服过量氮引起的植物生理障碍，促进光合作用，减少由于天气不良对作物造成的不良影响。
制作方法：将10L玻璃瓶用开水消毒，红糖用开水溶化，大豆200g加水煮沸30分钟，放置冷却到40℃，然后将3.5kg红糖、1kg扩大菌、5L水加入瓶中搅匀，用透气性好的布盖好瓶口3~4天搅一次，一般夏季20天、冬季30~40天即可取液施用。
使用量：取滤液稀释100倍喷于作物上。
酵素菌所存在的问题
