时任掌权者藏巴汗原本就对格鲁派在西藏民众当中的地位耿耿于怀，时常表彰噶举派、贬低格鲁派不说，更是借此机会，想要一举打断“达赖喇嘛”的灵童转世。
当罗赞却吉坚赞赶到拉萨时，收到的第一条禁令便是禁止搜寻云丹嘉措的转世灵童，因为其死因不明。
这一招犹如“贼喊捉贼”，四世达赖所管理的“三大寺”群龙无首，活佛转世系统也被迫终止。
自“达赖喇嘛”的封号确立以来，被三大寺指定为转世灵童诞生地的家族，往往都会将此视为至高无上的荣耀。可由于藏巴汗世俗力量的介入，绝大部分家族都不敢公然与之为敌。
罗赞却吉坚赞在收到“三大寺”的求助时，自然也想到过自己此次赴约堪称铤而走险，也许会面临同样的*身之祸。
但作为一代高僧，他心中澄明而且大义凌然，生生扛住了藏巴汗和噶举派的压力，使格鲁派在拉萨的处境一步一步转危为安。
他身为四世达赖的师傅，在教众心中的地位无需多言，而除了已经逝世的活佛本人，再也没有谁有资格重新认定下一任达赖的归属。
此后长达六年，罗赞却吉坚赞坚守在哲蚌寺传教，同时暗中联络西藏各大隐世家族，希望能找到“五世达赖”的合适人选。
在这几年间，当然不乏有贪财好利之辈，不顾藏巴汗的威胁，伪造“神迹”以冒充自己的子嗣为转世灵童。
1621年，在罗赞却吉坚赞与“三大寺”各位住持的通力合作下，终于认定西藏山南琼洁家族的子嗣阿旺洛桑嘉措为“第五世达赖”人选。
此时的阿旺洛桑嘉措，已经五岁有余，与以往转世灵童刚出生就立刻被封为“达赖喇嘛”的情形有所不同。
罗赞却吉坚赞不得不将其保护在哲蚌寺当中，细心教养，待时机成熟后再将“活佛”的真面目公之于众。不久后，藏巴汗身患重疾，四处求医未果，此事便成为罗赞却吉的助力。
他带着“五世达赖”前往雪山求药，并且日日在哲蚌寺布施法会，直到藏巴汗康复无虞。
而受此救命之恩的藏巴汗，虽然对格鲁派依旧心怀鬼胎，但至少撤回了禁止寻找转世灵童的命令，“五世达赖”阿旺洛桑嘉措也终于出现在了人前。
1641年，罗赞却吉坚赞带着“五世达赖”阿旺洛桑嘉措，联合固始汗，一举消灭了藏巴汗，罗赞却吉坚赞也被封为“班禅”。
而身为“五世达赖”的师傅的罗赞却吉坚赞，尽管在称号上“班禅”没有“达赖”的影响力大，但实际上在格鲁派上层管理者当中，“班禅”罗赞却吉坚赞的话语权更大。
1662年，“四世班禅”罗赞却吉坚赞在扎什伦布寺圆寂。
人们为了纪念他的功勋，为其肉身建造了一座金塔，供奉在扎什伦布寺内，这也是历代班禅的第一座灵塔。
而“班禅五世”罗桑意希的师傅，正是受罗赞却吉坚赞培养长大的“五世达赖”阿旺洛桑嘉措。
此后的“达赖”与“班禅”，自四世罗赞却吉坚赞开始，一直保持着密切的师徒关系：年长者为师，年幼者为徒。
