微量元素缺乏原因有很多，除土壤母岩缺乏，也是土壤物理性、化学性及生物性引起以，任何影响根系发育及健康的原因，都可能导致微量元素的缺乏。植物生病了有可能引发微量元素缺乏症，也有植物缺乏元素而生病的。了解了导致植物缺乏元素的原因，才能正确诊断和解决问题。
土壤酸碱度不正常，是引起微量元素缺乏的主要原因。还有以下几种土壤都可能发生微量元素缺乏的问题：1、高有机质（6%或以上）；2、高砂质土；3、高磷含量，而少微量元素；4、干旱；5、高密实的土壤；壤6壤整地时底土堆出。
如：1、当土壤高酸碱度、高磷含量时，容易缺铁，常见作物玉米、高粱、大豆；
2、当土壤是砂质土、高有机土、高酸碱度、粘土时，容易缺铜，常见作物谷类、蔬菜、果树；
3、当土壤是砂质土、高酸碱度、高磷含量时，容易缺锌，常见作物柑橘、玉米、大豆、果树、蔬菜；
4、当土壤是砂质土、过度施石灰、高磷含量时，容易缺锰，常见作物大豆、谷类、果树、甘薯、叶菜类；
5、当土壤是砂质土、过度施石灰、强酸性土、高有机土时，容易缺硼，常见作物豆类、番茄、柑橘、果树、甘薯、叶菜类、葡萄；
6、当土壤高风化酸性土时，容易缺钼，常见作物豆类、柑橘、花菜。
铜在微酸及中性土壤中最有效，强酸下会被氧化铁、氧化铝及硅酸盐所吸附。铜元素也会与有机质形成强复合体，铁、锰、铝等元素的不平衡，会降低植物根系对铜的吸收。
土壤酸碱度影响微量元素的有效性
微量元素的缺乏，与土壤母岩、植物、土壤性质有密切的关系，而土壤PH是决定微量元素有效性的重要指标。当PH改变时，土壤中微量元素的有效性会受到影响。
1、铜
铜元素最有效是在微酸性及中性之间，在强酸时铜容易被氧化铁、氧化铝乃硅酸盐所以吸附；有机质与铜元素也会形成强的结合性复合物，将导致不利被吸收；铜与其它金属元素如铁、锰、铝的含量不平衡时，也都将影响根系对铜的吸收。
2、铁
铁元素在PH低时较易溶，当PH增加，铁元素受到化学及微生物的氧化作用活性降低；PH在6.5以上时则呈氧化铁，不易溶解，致使植物吸收不易。土壤的其它元素或化合物（如磷酸）会与铁结合，形成不溶性复合物，也将减少铁的吸收。
3、锌
锌元素最有效在土壤微酸及中性之间，其行为如铜元素会被氧化物或硅酸盐吸附，也会被有机质所吸附。植物根部的磷能固定锌，因此碱性土需要注意锌的缺乏，亦不可过量施用磷肥。
4、锰
锰元素最有效在PH5.0至6.5之间；PH5.0以下时，锰将被氧化铁、铝及硅酸盐形成不溶性的复合物；PH增加时则容易被化学及微生物氧化，2价锰氧化后成3价锰、4价锰，有效性降低，因此碱性土可能会缺锰。强酸性土壤反而会造成锰的危害。锰与其它元素（如钙、镁、铁等）处于不平衡状态时，也会导致缺锰。高有机质土在低温、多水的时，也容易缺锰，当气温回升及干燥后又会恢复正常。
