刻有《汉谟拉比法典》的石柱
但在汉谟拉比死后，巴比伦王国迅速瓦解，当地再次进入了城邦混战的局面之中。在公元前16世纪，一个名为加喜特的神秘族群从巴比伦东方的扎格罗斯山脉进入当地，并取得了当地的统治权。目前这个族群的族属不明，而他们的王朝在当地持续了大约435年。之后，当地最早的居民阿卡德人压倒了加喜特人，首次在自己的故乡建立了一个王国。
新亚述帝国大致疆域
但在此后不久，巴比伦地区再次陷入混战，直到公元前10世纪，阿卡德人中出现了一个非常尚武的分支亚述人，这个族群在公元前911年在其首领阿达德尼拉里二世的带领下征服了巴比伦大部，建立了新亚述帝国，巴比伦地区重新得到统一。
而正是在新亚述帝国时期，巴比伦军队在其君主尼布甲尼撒二世的率领下，在公元前597年和公元前586年两次打败了犹太人的犹大王国，占领耶路撒冷并将犹太神殿拆毁，还将犹太人流放到了巴比伦地区。这也成为了巴比伦后来在亚伯拉罕宗教中含义极度负面的主要原因了。
刻有尼布甲尼撒二世形象的浮雕
在公元前539年，巴比伦地区又被波斯阿契美尼德帝国兼并。在此期间巴比伦文明和波斯文明发生了相当程度的融合。而在公元前4世纪阿契美尼德帝国灭亡后，巴比伦地区先后受到了希腊文明和阿拉伯文明的影响，而这些文明和巴比伦文明属于不同的体系，所以可以说巴比伦文明在阿契美尼德帝国灭亡之后就也随之灭亡了。
不过巴比伦文明虽然灭亡了，它的一些文化遗产却仍然以不同的方式得到了传承。比如在犹太教和基督教等亚伯拉罕宗教里，“巴比伦”都是一个含义丰富的词汇，而且在都演化成了具有道德含义的典故。比如“大巴比伦”一词可以指各种错误的宗教，而名称源自巴比伦的“巴别塔”则有人类狂妄自大只会落得混乱结局的寓意。
讲述史前大洪水故事的一块《吉尔伽美什》石碑
而且，一些近代学者经过研究发现，亚伯拉罕宗教可能在起源时就和巴比伦有着很深的渊源。这样说是因为：在巴比伦时期，曾经出现过一个非常伟大的文学作品，也就是《吉尔伽美什史诗》。这个史诗主要讲述了公元前2700年到2500年之间苏美尔英雄吉尔伽美什的故事。而非常有意思的是，现代很多学者经过研究发现，《吉尔伽美什史诗》中关于伊甸园和史前大洪水的很多描述和亚伯拉罕诸宗教中的相关描述高度相似。所以一些学者认为，《犹太教圣经》（即基督教《旧约圣经》）这个亚伯拉罕宗教最早的宗教著作，其实很有可能是以《吉尔伽美什》为代表的巴比伦传说中衍生出来的。
另外还有一些学者则发现，希腊地区早期流传的《荷马史诗》当中，也有一些《吉尔伽美什史诗》的影子，因此他们认为《荷马史诗》也曾受到了《吉尔伽美什史诗》的影响。
