几种人种全世界分布图，图片源自互联网
虽然我们的基因中含有尼安德特人和丹尼索瓦人的基因，但其数量差异明显：祖先来自欧洲和亚洲的人大约有2%的基因来自尼安德特人；而丹尼索瓦人的基因只在来自亚洲的人身上出现，大约构成他们基因不到5%。长期以来，人们曾经认为非洲人没有尼安德特人或丹尼索瓦人的任何基因，因为远古人类只有在离开非洲后才获得这些基因，但最近的一项研究表明，在非洲人群中发现了少量的尼安德特人基因，这很可能是因为人类从欧洲或其他地方回到了非洲。
智人与尼安德特人，图片源自互联网
近年来，新的化石研究也有助于科学家们填补一些领域空白：科学家们几年前发现了一名年轻女孩的遗骸，她是尼安德特人-丹尼索瓦人混血儿，有一位尼安德特人母亲和一位丹尼索瓦人父亲，大约生活在5万多年前；去年的一篇论文分析了迄今为止最古老的人类基因，该基因发现于保加利亚的巴乔·基罗（Bacho Kiro）洞穴，可追溯到约4.5万年前，这些人的祖先是尼安德特人。
人类的进化史 ，图片源自互联网
科学家们对现代人类基因和丹尼索瓦人基因组进行了对比分析，结果表明我们的祖先与古人类存在明显的杂交行为。通过对亚洲和太平洋岛民后裔的研究，科学家们揭示了这些人的基因组中存在丹尼索瓦人的基因。科学家们认为，这些亚洲和太平洋岛民的祖先在几万年前迁移到该地区后的某个时候与丹尼索瓦人居住在一起，留下了交配行为。某些情况下这种交配行为被证明是有益的，通过对在青藏高原高处的一个洞穴中发现的丹尼索瓦人的下颌骨分析表明：现代藏人拥有一个从丹尼索瓦人那里遗传来的关键基因，这使他们的身体能够更好地应对高海拔气候环境。
丹尼索瓦人对现代人类基因贡献，图片源自互联网
不仅是尼安德特人和丹尼索瓦人，有迹象表明，现代人类基因中还含有来自未知人类谱系的基因。研究发现其中一些基因是依次遗传给人类的，但是科学家们无法确定这些远古祖先到底是谁。还有证据表明，现代人的祖先可能在某个时候与非洲的其它人类血统有杂交行为，许多现已灭绝的人类分支曾在非洲大陆的某个地方共存，包括纳雷迪人和海德堡人，他们可能在某个时候某个地方与人类的祖先交配。
