2012年12月17日，环保部（现生态环境部）在官网发布了《关于2012年12月拟对建设项目环境影响评价文件做出审批意见的公示》，新建铁路成都至兰州线成都至川主寺（黄胜关）段工程设计变更因“自然保护区内环境影响论证不充分、措施不到位，线路与其他铁路包夹居住用地、噪声影响突出，公众参与代表性不足”被暂缓审批建设项目环境影响报告书，项目也暂缓建设，根本原因在于线路隧道地下穿越或支洞地表施工进入8个自然保护区等生态敏感区，在施工期和运营期，可能影响周边大熊猫、川金丝猴、黑熊等野生动物活动和栖息环境，及红豆杉、珙桐等野生保护植物生长。
甘肃段与兰渝铁路共线方案被「否决」
2013年10月16日，环保部（现生态环境部）公示的《关于建设项目环境影响评价文件审批决定》中，成都至兰州铁路成都至川主寺（黄胜关）段榜上有名，意味着这条铁路正式复工。甘肃段线路走线为经九寨沟县后，抵甘肃哈达铺与兰渝铁路共线，最终到达兰州，然而建设情况却少有耳闻。
成兰铁路（调整前）与兰渝铁路线路关系示意图
从环保部（现生态环境部）对新建铁路成都至兰州线成都至川主寺（黄胜关）段工程设计变更环境影响报告书暂缓审批到审批通过，甘肃段的线路走向发生了重大变化，经九寨沟县后，抵甘肃哈达铺与兰渝铁路共线的方案，由于要经过生态敏感区而被否决。
兰合铁路、西（宁）成铁路的应用而生
甘肃段与兰渝铁路共线方案被否，成兰铁路通道优化调整由两个项目组成，即新建兰州至合作铁路、西宁至成都铁路。兰州至合作铁路自兰州枢纽兰州西站引出，经临夏州永靖县、临夏市、临夏县后，在甘南州夏河县唐尕昂乡，与西宁至成都铁路唐尕昂站接轨，经合作市、碌曲县郎木寺镇、四川省若尔盖县、松潘县，接入在建成兰铁路黄胜关站，利用在建成兰铁路共线引入成都枢纽，共同构成兰州、西宁至成都间快速铁路通道，新版的成兰（西）铁路由此诞生。
