结果：
在本研究中，共有1474例肺癌患者参与了ALK融合基因检测。在1387例NSCLC样本中，共有71例患者携带ALK融合基因，ALK重排的总体发生率为5.1％ (71/1387)。而在其余54例SCLC或33例宫颈、乳腺和甲状腺癌伴有肺转移的患者中未发现ALK基因融合。
NSCLC患者的临床病理学特征如表1所示，所有NSCLC患者的中位年龄为59岁 (范围23-89岁)。相比于未发生ALK重排的患者，ALK重排更倾向于发生在确诊时年龄较小的患者 (中位年龄48岁vs 60岁; P< 0.001)。与男性患者相比，女性肺癌患者发生ALK融合基因的风险更高 (7.2％ vs 3.9％; P= 0.007)。从不吸烟者比吸烟者更容易罹患ALK重排 (6.9％ vs 3.0％; P= 0.001)。71例携带ALK融合基因的NSCLC病例中有68例为腺癌，2例为鳞状细胞癌，1例为类癌。腺癌和肺腺癌患者携带ALK重排的几率分别为6.2％和1.0％ (P<0.001)。确诊时处于晚期的NSCLC患者 (IIIB-IV期) 与I-IIIA期患者相比，ALK重排的发生率显著更高 (6.4％vs 3.2％; P= 0.009)。没有EGFR突变的患者比携带EGFR突变的患者更容易发生ALK重排 (7.2％vs 1.2％; P<0.001)。就诊断方式而言，经皮穿刺活检方法和手术活检在ALK重排阳性率方面并无明显差异 (P= 0.287)。在71例ALK重排病例中，共有6例 (8.5％) 患者共同存在EGFR和ALK变异。
在具有ALK易位的NSCLC患者中，Variant 1, 2和3型的分布分别为39.4％ (28/71)，32.4％(23/71) 和15.5％ (11/71)。 每种ALK融合的亚型如表2所示，EML4基因是最主要的ALK融合伴侣基因，发生率为94.4％ (67/71)。而非EML4伴侣的发生率为5.6％ (4/71)：3例为KIF5B-ALK融合，剩余1例为DCTN-ALK融合。此外，根据两种PCR检测方法，2例患者携带2种ALK融合亚型：1例并发Variant 1和9融合，结果如图2A所示；另外1例患者同时具有Variant 3和2融合，结果如图2B所示。
表2
图2
将所有15种ALK阳性PCR产物成功克隆到载体中用于序列复杂性分析，详细结果可见于表3。在15个非选择性EML4-ALK阳性产物的病例中，存在Variant 1和3的2个病例 (13.3％) 表现出三种融合亚型的共存。在Variant 1的一种情况下，ALK的20外显子可以与EML4的13外显子(E13; A20) 融合，检测到两种新的在Variant 1亚型。一个亚型是ALK的20外显子与EML4的13外显子融合 (E13del63; A20)，结果如图3A所示。另一个亚型是EML4的12外显子的一部分首先与EML4的7外显子的一部分连接在一起，然后，EML4的13外显子与ALK的20外显子融合 (E7E12E13; A20)，结果如图3B所示。在Variant 3的一个病例中 (报告的Variant 3a [E6; A20]和3b [E6ins33; A20]除外)，第三个新亚型是EML4的6外显子和3外显子首先连接在一起，然后，EML4的6外显子与ALK的20外显子融合 (E3E6; A20)，结果如图3C所示。所有新型亚型的百分比不超过一个样品中所有变体的10％。
此外，在6例Variant 3型患者中，Variant 3a和3b总是同时存在的，并且Variant 3a的百分比与Variant 3b的百分比高度一致。而在3例Variant 2型患者中，并未发现有新的亚型。
表3
