此时，机长刘建平立刻回到驾驶舱，断开自动驾驶仪，手动操纵飞机。他在收回缝翼的同时，试图进行改出操作。他的操作导致飞机进入剧烈的俯仰角振荡，接下来的13秒内在机头向上和向下之间连续三次反复。
副驾驶这时发现了飞机的异常之处，其襟翼手柄为启动状态，于是他立刻收起了前缘缝翼，但这一举动又再次让飞机陷入了最猛烈的一次俯冲，俯角达到了向下24.3度。经过这一系列振荡，飞机下坠了约5千英尺的高度，速度也骤增至364节，触发了超速警报。
几秒内五千英尺的严重失重，使得乘务长就是够不到近在咫尺的广播器；客舱内没系安全带的乘客全部被抛向空中，被天花板砸伤头部；系了安全带的乘客眼看着被没系安全带的乘客砸在自己身上。
下午6时20分左右，高度降至2万8千英尺左右时，飞机的俯仰角在机长操控下渐趋稳定，逐渐恢复至向上5到8度之间缓慢爬升高度。缝翼误放94秒后，机长重新打开自动驾驶仪。飞机在自动驾驶仪操纵下再次爬至3万3千英尺。
