毗卢宝殿
茗山法师书写对联：
毗卢尊师久住无量劫圆通三际，
清净法身化生百千亿普度十方。
毗卢宝殿
药师佛塔，以消灾延寿药师佛命名，建于1990年。塔高约45米，七级八面，斗拱重檐，是鸡鸣寺的标志性建筑。该塔主体为钢筋混凝土结构，外层用木结构装修。
塔内供奉有药师佛铜佛像一座，此像原供奉于北京雍和宫，1972年经周总理批准送至南京供奉。
《新白娘子传奇》剧组曾来南京鸡鸣寺，借用药师佛塔拍摄雷峰塔场景。
宝塔南面正门上额“药师佛塔”，由时任中国佛教协会会长赵朴初题写。
塔身建有内梯外廊，二层以上每层有4座明代金丝楠木雕花佛龛，每龛供有一尊楠木雕的药师佛像，共24尊，原为北京中南海旧物。
2011年5月9日凌晨发生火灾，塔内的佛像、佛龛均毁于火灾，甚至连药师铜身佛像也被大火熔化，仅存塔身混凝土骨架。
记得在火灾前，我游览鸡鸣寺时曾登上塔顶层，火灾复建后我又来几次，此塔一直未对游人开放。
