孔子圣绩图之晏婴阻封图
第二年，有些齐国大夫企图谋害孔子，孔子听说此事后向齐景公求救，齐景公却说：“我老了，不能用你了。”孔子知道无法再在齐国待下去，便返回了鲁国。
孔子返回鲁国的几年后，鲁国的大臣们内斗地更厉害了，国家一团混乱。孔子便待在家里不去做官，专心整理古代的《诗》、《书》、《礼》、《乐》等典籍，这些典籍一直流传到现在，《诗》就是《诗经》，《书》就是《尚书》，《礼》就是《仪礼》，可惜被后人称为《乐经》的《乐》却在后来的战乱中失传了。
在整理古代典籍的同时，孔子也扩大了自己的私人学校，因为他声名远播，许多年轻人纷纷从远方来求学，接受孔子传授的学业，很多被孔子欣赏的学生就是这个时期来求学的。
鲁国从政
公元前502年，鲁国的大臣阳虎、公山不狃（niǔ）发动了叛乱。公山不狃占据了费（bì）邑，召请孔子去做官。孔子一直想从政为官，让自己的理想可以付诸实行，但一直没有机会，因此他对公山不狃的召请动了心，打算前往。孔子的学生子路非常不高兴，和孔子争辩了一番，竭力阻止他前往，孔子最终没有去。
叛乱平息后，鲁国的内政开始好转，国君鲁定公任命孔子为中都宰，就是中都这个地方的行政长官。孔子治理了一段时间后，中都一片欣欣向荣，其他国家的官员都来向他学习。
鲁定公听说了之后，召见孔子问他：“学习您的施政方法来治理鲁国，您看怎么样？”孔子回答说：“即使是天下也足以治理好，岂只是治理好鲁国呢！”
这样实施了两年，鲁定公见孔子确实有本事，便升了他的官，任命他为司空，就是管理水利、工程和手工业的官员。孔子根据土地的性质，把它们分为山林、川泽、丘陵、高地、沼泽五类，将各种作物都种植在适宜的环境里，使他们都得到了很好的生长。
不久之后，鲁定公又升孔子做了大司寇，就是管理全国司法和刑狱的官员，相当于现在的最高法院院长。
孔子注重以道德教化百姓，而不是以刑罚镇压百姓。有一次，一个儿子因为不孝顺父亲，被父亲告到了孔子那里，孔子没有审判，把他们关押在了同一个牢房里，过了三个月也不判决，后来父亲请求撤回诉讼，孔子就把他们都放了。
季孙氏听到这件事后很不高兴，他说：“司寇欺骗我，从前他曾对我说过：‘治理国家一定要以提倡孝道为先。’现在我要*掉一个不孝的人来教导百姓遵守孝道，为什么不可以呢？司寇却放了他，这是为什么呢？”
孔子的学生冉有把季孙氏的话告诉了孔子，孔子叹息说，军队打了败仗，不能用*士兵来解决问题；犯罪不断发生，不能只用刑罚来制止。这是因为统治者的教化没有起到作用，罪责不在百姓。统治者要先对百姓进行道德教育，让他们明白敬服，如果还不行，就请贤良的人为榜样引导鼓励百姓，如果还不行，才可以使用刑罚震慑百姓。而现在国家不对百姓施行教育，却制定了繁多的严刑峻法，官吏用刑罚约束控制百姓，所以刑罚越多犯罪越多，现在的社会风气已经败坏很久了，即使有严苛的刑法，百姓能不违犯吗？
孔子担任大司寇期间，虽然设立了法律，但由于他注重教化百姓，国家秩序良好，没有什么犯法的人，所以刑罚也没派上用场。
孔子五十二岁时，鲁国与齐国和好，当年夏天两国约定在齐国的夹谷盟会，鲁定公任命孔子为盟会司仪。在盟会上，齐景公受他臣下的挑唆，故意让随行的艺人表演一些羞辱鲁国的节目，孔子义正言辞地指出了齐景公的不是，下令腰斩了表演的艺人。齐景公非常羞愧，回去后斥责了那些大臣，为了表达自己的歉意，齐景公归还了一些以前侵占的鲁国土地。
孔子圣绩图之齐鲁会夹谷图
当时鲁国的大权被季孙氏、孟孙氏和叔孙氏三家把持，国君的权力很有限。三家为了保护自己的利益，在各自的封地分别建了高大的都城，囤积了很多的粮食、武器和士兵。孔子对国君鲁定公建议拆毁三家的都城，削减他们的势力，鲁定公同意了，任命孔子去执行。孔子的学生子路是三家中势力最大的季孙氏的管家，孔子让他去说服了三家同意拆毁都城。
孔子先拆毁了叔孙氏的都城郈邑（hòu yì），接下来在拆毁季孙氏的都城费（bì）邑的时候，公山不狃、叔孙辄（zhé）率领费邑的士兵谋反，攻打国都。孔子临危不惧，指挥都城的将士打败了叛军，公山不狃、叔孙辄逃奔到齐国，费邑也得以顺利拆毁。最后要拆毁孟孙氏都城成邑的时候，孟孙氏反悔了，鲁定公领兵包围成邑，结果却没有攻下来。
这一事件被后世称为“隳（huī）三都”，孔子主导的这一行动使鲁国国君的权力得到了加强，贵族的势力被削减，孔子的声望也更高了。
孔子圣绩图之隳三都图
孔子五十六岁时，由大司寇代理国相事务，相当于现在的国家总理。孔子觉得自己终于可以大展身手了，便经常表现出高兴的神色，他的学生子路问他：“我听说君子祸患来临不恐惧，幸运降临也不表现出欢喜。现在老师得到高位而流露出欢喜的神色，这是为什么呢？”孔子说：“对，确实是有这样的说法，但不是还有‘显贵了而仍以谦恭待人为乐事’的说法吗？”
孔子执掌朝政七天，就诛*了扰乱政事的大夫少正卯（mǎo），树立了威信。治理国政三个月后，卖肉的不敢随意抬价，遗留在路上的东西没人捡拾，从四方来的客人不必向官吏请求，全都客客气气地受到了接待，如同回到了家里。
齐国的大臣们得知了鲁国的情况后非常恐惧，他们害怕鲁国在孔子的治理下称霸攻打齐国，于是从齐国挑选了八十位美女和一百二十匹有花纹的宝马送给鲁定公。孔子在治理鲁国的时候，得罪了掌握大权的季孙氏、孟孙氏、叔孙氏三个家族，他们为了让鲁定公疏远孔子，就怂恿鲁定公收下了齐国的礼物。
孔子圣绩图之齐人归女乐图
鲁定公得到了美女和宝马后，从此沉迷于玩乐，不再上朝听政。孔子知道鲁定公不会再重用他了，就和弟子们一起离开了鲁国，开始周游列国，寻找能够重用他，让他实现理想的国家。
