在《牡丹亭》中，杜丽娘和柳梦梅虽然一前一后在同一舞台空间上相继出场，但从各自的情节上来看，两人的实际时间却隔了三年之久。杜丽娘在婢女春香的带领下游园进入梦境，与不同时空的柳梦梅相遇后回归现实，因为伤春病逝去了幽冥地府，又死而复生回归现实，和自己的心爱之人团圆，这一过程经历了三年之久。
而杜丽娘无意识的梦境将未来的姻缘成真，预示了将来自己的爱人，看似虚假的梦境对她来说却是像庄周梦蝶一样，是比现实还要真实的存在，这种时间交错的写法，让这部作品格外出彩。
汤显祖在文中设置了三年的时间差，展现出了现代影视剧中非常常见的穿越式的恋爱故事，神秘又富有梦幻色彩，这在四百年前的明代是十分新颖且有创造力的戏剧结构，向读者展示了一段动人心扉的时光旅程。
以往的传统戏曲在叙事上一般是以故事发生到结束的时间顺序来讲述，整个故事冗长沉闷，而《牡丹亭》用了“回叙”与“预叙”两种叙事手法进行创新，打破了故事的线性发展进程。 预叙的手法，也就是打乱正常的叙事顺序，将一些还未发生的事情穿插在前面讲出来。
例如在第十场《惊梦》中花神的台词：“吾乃掌管南安府后花园花神是也。因杜知府小姐丽娘，与柳梦梅秀才，后日有姻缘之分。杜小姐游春感伤，致使柳秀才入梦。”第二十三场《冥判》中判官的台词：“有个柳梦梅，乃新科状元也。妻杜丽娘，前系幽欢，后成明配。相会在红梅观中，天机不可泄露。”
汤显祖借虚拟的人物（鬼、神）叙述后面将发生的事情，以期告诉人们杜丽娘和杜丽娘的今生情和来生缘，从而引起人们对这两人接下来爱情如何发展的期待和情感的共鸣。不过，汤显祖虽然已经点明二人的姻缘，却依然没有改变两人处于不同时空彼此陌生的设定，这就更加清晰地表明了时空的相隔，这种构思使得故事情节更加具有戏剧性和奇幻性。
在《惊梦》和《寻梦》中，汤显祖用了十分快速的节奏描写了杜丽娘游园的故事情节，从杜丽娘情思初开，到在婢女春香的带领下前去游园，被满园春色惊叹，心中情思无法倾诉，又到在园中入梦初遇柳梦梅一见倾心，梦醒之后怅然若失。
在梦中，自小在闺阁束缚中长大的杜丽娘第一次摆脱了一切束缚和拘束，汤显祖也紧跟在后面就又让杜丽娘到后花园寻梦，在后花园中，杜丽娘看到牡丹亭的美丽春景后，再一次把自己昨日在梦中看到的一景一物详细地描述了出来，一切都让人无比快乐。
汤显祖在《牡丹亭记题词》中说：“情不知所起，一往而深。生者可以死，死可以生。生而不可与死，死而不可复生者，皆非情之至也。”
正如汤显祖所言，情不知所起一往而深，《牡丹亭》表现出对“情”的重视，认为创作都是“为情所作”，因此他在传统故事结构的基础上，创造出多线并行的叙事时空结构，进行了大胆创新，表达出他的“至情”主张。
