探究式学习有时也被人们称为“问题导向式”的学习，因此“问题”往往被视为探究式学习的核心。然而，“问题”在探究式学习中的重要性主要体现在它对学生合适与否而不在于它是否一定是由学生探究得来的。即使探究的问题直接来自教师或其他途径，学生也完全可以进行高度探究式的学习活动。实际上，考察科学教学的现实，我们看到最大的问题还在于对证据收集、解释形成和求证的处理方式上。在一般的课堂上，学生可能没少忙碌于证据的收集，也要进行解释和求证的活动，但如何根据有限的线索确定证据收集的方向，如何在不止一个可能合理的解释面前做出决策呢?
这些对于探究至关重要的内容则多由教科书或教师所包办，留给学生探究的空间很小，例如，浸入液体中的物体所受浮力的大小与其排开液体的多少是有关的，如果把物体排挤开的液体收集起来称量一下，就会发现它的重量刚好等于浮力的大小，这样的结果可以作为著名的阿基米德定律的实验基础。但是关键的问题是，人们一开始怎么会想到要设法去收集那一部分由于物体的浸入而被排挤开的液体呢?在科学发现的故事中，这才是最具奥妙、最有魅力的一段。这种最终能得到实验证据支持的假说就是通向发现的护照。而在谜底揭开之前，人们能够想到的、能够选择的假说肯定不止那一个，而由于导致一个好的假说的线索往往深藏在事实的迷雾之中而常常使人与它擦肩而过却无缘相会。
在向科学进军的道路上，大多数的人和大多数的时间实际上是耗费在那些最终没能得到实验证据支持的假说上，这就是真真切切的科学上的探究，没有任何一位科学家会否定这种探索的价值。然而，这样的内容在科学家最后发表的研究论文、报告中是很难找到的。实际上，与科学研究和科学精神的本质不相符的情况即使在号称科学探究式的教学中也不难找到。例如，求证是科学研究过程中必不可少的一环，在科学知识的探究式教学中，由于学生探究的是人类早已发现的、成熟的知识内容，学生的学习活动不易设计成真正具有探究式的过程。
在比较极端的情况下，往往成为目标和路线都明摆着的形式化的探究，提出假说的环节即使有也只是走走过场，而对假说求证的过程则更是被误导为纯粹的证实，而更能反映科学研究活动真实的证伪则不见踪影。这样的教学，不仅不利于培养学生的探究能力，更严重的是会误导学生对科学本质的理解，在学生头脑中形成不正确的科学形象。因此，要实施真正的探究式学习，就不能省掉假说这一环节以及为催生假说而精心设计的活动。
如果我们从基本特征上去把握探究式学习，就可以分辨并避免对它的神化。同时，如果充分认识到假说的提出在科学家的探究和学生的探究中的核心地位，我们也就十分明确在科学探究式学习活动的设计中功夫应该花在什么地方并能分辨和避免对它的泛化。
