▲德川幕府时期的江户城，一改往日落后景象
幕府固然势力强大，但始终还是无法取代皇室成为国家的政治正统。19世纪中期以后，德川幕府在其他藩属的挑战之下，往日的风光不复存在。
在众多藩属之中，以与江户距离甚远的萨摩藩和长州藩缔结的萨长同盟威胁最为显著。地理位置上的隔阂，让他们和德川幕府的关系一直较为糟糕，且受到西方强烈的煽动。
▲“倒幕运动”中的四个强藩，他们与江户德川家的关系与日恶化
1867年，以萨长两军为主*讨幕军在戊辰战争中击败幕府军。迫于压力，德川家最终只能做出让步，将大政重新归还给天皇。这也为日后的明治维新奠定了基础。
▲大政奉还现场
国家实权的再次转移，引发了人们对于首都选址的热烈讨论。皇室贵族认为，将首都重新迁回京都，才能体现天皇的至尊地位；而原先驻守在江户的大臣和民众则认为，如今的江户各项设施条件在日本首屈一指，而且迁都的成本太高，战争结束不久不宜劳民伤财。
▲自藤原京时代起，历代皇居所在地。除了东京以外，其余均是在关西地区
公元1870年，以东北地区尚未平定和农业欠收减少开支为理由，推迟向京都迁移的计划，继续将江户作为政治中心，并更名为东京。自此之后，京都只是名义上的首都。
