南京市没有下辖县，主城区划分为16个区。50年代中期，出于城市正规化管理的需要，南京市的16个区被调整为11个区。各个区从第一区开始，一直排列到第11区。1955年，南京市的11个区，开始拥有自己的名字，分别命名为：玄武区、白下区、秦淮区、建邺区、鼓楼区、下关区、浦口区、燕子矶区、栖霞区、雨花台区、钟山区。
1958年，在江苏省新一轮的区划变迁中，常州专区的江宁县，扬州专区下辖的江浦县、六合县，划入了南京市管理。南京市拥有了3个县，管理范围进一步扩大。不过，这样的区划框架仅仅持续了4年时间。1962年，3个县陆续还给了周边专区。60年代末期，全国所有的专区更名以后，江苏省的各个专区陆续更名为地区。
由于没有下辖的县，很多重要项目和工程的推进，都面临了空间不足的限制。为了扩大南京市的管辖范围，进一步增强南京市的综合实力，1971年，六合地区的江浦县、镇江地区的江宁县，划入了南京市管理。1975年，扬州地区的六合县，镇江地区的高淳县、溧水县，划入了南京市管理。截至70年代中期，南京市的区划框架，调整为10个区、5个县。
分别是：浦口区、栖霞区、雨花台区、玄武区、大厂区、下关区、白下区、建邺区、秦淮区、鼓楼区、江宁县、江浦县、六合县、溧水县、高淳县。70年代末期开始，我国经济进入了高速发展时期。为了适应时代发展的需要，作为东南沿海省份，江苏省下辖的各个地区，开始陆续进行了各方面的区划调整。
1994年，南京市被确立为副省级城市，成为了全国15个副省级城市之一。进入21世纪以后，随着南京市的持续发展，主城区面积越来越大，城市人口进一步增加。2000年，南京市的江宁县被撤销，组建了江宁区。2002年，南京市的浦口区与江浦县合并，组建了新的浦口区。大厂区与六合县合并，组建了六合区。截止2002年，南京市形成了11个区、2个县的区划框架，合计13个区县。
2013年，南京市的白下区被撤销，并入了秦淮区。下关区被撤销，并入了鼓楼区。溧水县、高淳县被撤销，组建了溧水区、高淳区。截至2013，南京市11个区的区划框架，彻底形成。
出于区域经济全盘发展的综合考虑，进入21世纪以后，南京市陆续组建了经开区、高新区、江北新区等几个新区。这几个新区属于功能型新区，一般不会计算在内。
