公元12世纪初，崛起于白山黑水之间的女真人便在今天哈尔滨市东南阿城区建立都城，号为上京会宁府。会宁府的建立，也标志着以女真族为主的金国政权正式建立。
今天重新修缮过的上京会宁府邸遗址
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当时的女真人并没有将国都建立在今天哈尔滨主城区所在的松花江两侧，而是选择了偏东南方向，更靠近张广才岭余脉的阿城区，其主要考量则是凭借山岭之险来保证都城的防卫力量。
蒙古灭金之后，东北地区的女真部落重新回归部落形态，哈尔滨的土地上重归寂静。然而，短暂的韬光养晦并非屈服，而是为下一场崛起积蓄力量。
明末清初的乱局中，女真人再次雄踞东北，不过，这次坐上头把交椅的建州女真是辽东山区的新力量（祖上同样来自于元代松花江流域的“五万户”）。曾经的金朝上京府故地此时虽然不复当年的繁荣，却依旧被满清王朝当作北疆要地，在原址的基础上增设了阿勒楚喀城。
清朝时期阿勒楚喀城石碑前玩乐的孩子们
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该城因临阿勒楚喀河得名。这条河流在魏、晋至唐代称“安车骨水”，金称“按出虎水”，明称“金水河”，清初称“阿勒楚喀河”。从东北少数民族历代音韵的传递以及汉语的意译就可以得知，这条源自张广才岭深处的河流应该是一条出产金沙的“宝河”，而女真人的国号“金”则与该河有着莫大的关系。
这条著名的金水河，对后来哈尔滨之名的确立有着重要的作用。有学者提出，清朝时期，同样因水的得名的古村落——阿勒锦（位于阿勒楚喀城附近，今阿城附近），对后来哈尔滨地名的形成起到了重要的作用，后来的哈尔滨就是阿勒锦一词的不同发音。
清朝时已经繁荣不在的阿勒楚喀城郊
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在女真语之中，“阿勒锦”一词有“荣誉、荣耀”的意思，将这个名称与本身就是女真故都，且位于产金之河畔的哈尔滨确实十分匹配，是一种值得参考的说法。
江心洲的故事
从清朝中后期开始，哈尔滨这一地名已经开始出现在黑龙江当地的清朝史料之中。据《黑龙江将军衙门档案》记载：1862年，松花江北岸佐领报称“他尔浑处江之北岸原有渡船一艘......对面江之南岸哈尔滨亦有渡船一艘”。
1866年，巡查松花江渡口的清朝士兵报称“江之南岸、四方台、哈尔滨、大岔沟等处设有渡船五只，摆渡往来行人”。这两处记载表明当时在今天哈尔滨市松花江南岸地区已经出现了名为哈尔滨的地名，并且应当是类似于村镇、渡口的地点（或兼而有之）。
