美国一项研究(IF: 41.58)提出，与高膳食纤维饮食相比，食用酸奶、发酵干酪、康普茶、蔬菜盐水饮料和韩国泡菜等其他发酵食物，可以增加肠道菌群的多样性，降低体内炎症标志物，并且酸奶和蔬菜盐水饮料的相关性似乎更强。
国际益生菌与益生元科学协会（ISAPP）也表明，除了食物原材料的营养贡献，发酵过程中的相关微生物的活动也可以提高食物的营养价值或产生生物活性物质，能与人体肠道菌群、免疫系统相互作用。食品发酵还去除原材料中的有毒或抗营养成分，提高食品安全和营养质量。
需注意，目前除了乳制品，鲜有其他食物进行随机对照试验（RCT）来验证其益处。多项研究已验证酸奶对人体的健康，部分发酵食物促进健康的证据主要局限于化学分析以及动物/细胞培养模型。
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原图来源：Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2021;18(3):196-208.
大部分用于食品发酵的乳酸菌、酵母菌和丝状真菌是非致病性的，不会产生毒素或有害终产物。
但在发酵过程中，许多不可控因素影响着食品的安全。例如腐乳发酵过程中，如果卫生不达标或操作不规范，导致被杂菌污染，就可能导致腐乳变臭，影响食品的安全和质量。
此外，通过乳酸菌发酵的奶酪、肉类、蔬菜、葡萄酒等，会产生组胺、酪胺和其他生物胺。对于组胺不耐受人群，摄入过多可能会造成偏头痛、心率增快、鼻炎流涕等不适。
