初平元年，公元190年，王允代杨彪为司徒，守尚书令如故。
开始王允对董卓曲意迎合并不彻底，时时露出反抗的情绪。公元191年董卓迁都长安，给王允加官封爵。
王允固辞不受，以展示身为汉臣的气节。
部下孙瑞劝王允说：“你现在和董卓一起被加封，如果为了名节不受封，不同流合污，让董卓的面子往哪隔，君子应该先顾保身，大是大非面前再选择保守名节才是正途，赶紧先从了董贼吧，抗贼，*贼的事以后再说。”
王允这才接受董卓的加封。以后每相承附，骗取董卓的信任。
王允虽然表面上多有迎合董卓之意，但在有些涉及原则、正义问题上，他仍坚持自己的意见。比如推举“反董义士”杨勋担任司隶校尉。
虽然明知董卓与杨勋之间矛盾很深，但是，王允出于正义，在董卓问谁可以担任司隶校尉的时候，还是毅然推举了杨勋。
在与董卓表面敷衍的同时，王允暗中积极组织和筹备反董卓的斗争。始终不改其正统、正义的本色。
公元192年，王允设计，利用吕布*死了董卓。
就在同一年，董卓的部曲将李傕、郭汜等攻围长安，为董卓报仇，城陷，吕布奔走。
布驻马青琐门外招呼王允，说：“王公和我一起跑路吧。”
王允感叹说：“若蒙社稷之灵，上安国家，吾之愿也。如其不获，则奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已，朝廷谓天子也。临难苟免，吾不忍也。努力谢关东诸公，勤以国家为念。”
王允在大是大非关头以身殉国，不辱臣节，临死还不忘交待吕布这种人要勤以国家为念。其赤诚之心苍天可鉴！
二、王允为什么*蔡邕？
1、史*载的两个版本
《后汉书·蔡邕传》记：
【及卓被诛，邕在司徒王允坐，殊不意言之而叹，有动于色。允勃然叱之曰：“董卓国之大贼，几倾汉室。君为王臣，所宜同忿，而怀其私遇，以忘大节！今天诛有罪，而反相伤痛，岂不共为逆哉？”即收付廷尉治罪。邕陈辞谢，乞黥首刖足，继成汉史。士大夫多矜救之，不能得。太尉马日磾驰往谓允曰：“伯喈旷世逸才，多识汉事，当续成后史，为一代大典。且忠孝素著，而所坐无名，诛之无乃失人望乎？”允曰：“昔武帝不*司马迁，使作谤书，流于后世。方今国祚中衰，神器不固，不可令佞臣执笔在幼主左右。既无益圣德，复使吾党蒙其讪议。”日磾退而告人曰：“王公其不长世乎？善人，国之纪也；制作，国之典也。灭纪废典，其能久乎！”邕遂死狱中。允悔，欲止而不及。时年六十一。】
《三国志·魏志》记：
【蔡邕在王允坐，闻卓死，有叹惜之音。允责邕曰：“卓，国之大贼，*主残臣，天地所不佑，人神所同疾。君为王臣，世受汉恩，国主危难，曾不倒戈，卓受天诛，而更嗟痛乎？”便使收付廷尉。邕谢允曰：“虽以不忠，犹识大义，古今安危，耳所厌闻，口所常玩，岂当背国而向卓也？狂瞽之词，谬出患入，愿黥首为刑，以继汉史。”公卿惜邕才，咸共谏允。允曰：“昔武帝不*司马迁，使作谤书，流于后世。方今国祚中衰，戎马在郊，不可令佞臣执笔在幼主左右，后令吾徒并受谤议。”遂*邕。】
两个版本记载王允*蔡邕的原因大致相同。
都是说蔡邕因为得到过董卓的礼遇，董卓被处死的时候，蔡邕发出叹息的声音，于是王允把蔡邕打入董卓一党，然后给*了。
只是一个版本说蔡邕感叹董卓的时候面带惋惜，另一个版本没提面部表情的问题。
