仙游寺博物馆在仙游寺一角，馆藏历史文物302件，包括石器、陶器、青铜器、瓷器、玉器、金银器、琉璃器、石刻、铁器等10余类。其中一级文物4件，二级文物6件，三级文物10件。时间跨度从新石器时代至民国，长达4500多年。
目前该博物馆有基本陈列两个，分别是仙游寺舍利馆和仙游翰墨苑。
仙游寺舍利馆主要展示的是出土于法王塔天宫和地宫的珍贵文物。有地宫石函、熏香炉、鎏金铜棺、琉璃瓶及10枚佛舍利，天宫石椁、鎏金棺、琉璃瓶及3枚高僧舍利，以及法王塔“碑石三宝”等。在法王塔拆迁的过程中，相继发现了天宫和地宫，天宫、地宫一塔共存，时代之早为中国首例。
