不仅如此，不同藻类由于对自然光的选择性吸收因而在水体空间分布上具有明显的差异，对红光吸收较少，对绿、蓝、黄光吸收较多的部分红藻，生活于红光难以到达，而绿、蓝、黄光能到达的较深海水中(有的种可生活在深达100 m处)；绿藻对绿光吸收较少、对红光和蓝紫光吸收较多，而生活于包括红光在内各种光均能到达的浅水中。这种不同藻类的分层分布，有利于充分利用阳光和空问，是对环境的一种适应机制；同时不同藻类种类和数量的空间分层分布使水体具有各种各样的水色。
(裸藻水华)
一般情况下藻类类群是水色的表征，不同水色下的藻类群落结构不同；而藻类生活在一定的营养中，水体营养状况是水色的重要影响因子 。
(裸藻)
硅藻在氮磷比为10：1时快速繁殖，易成为优势种，形成茶褐色水色。
绿藻在氮磷比为3——7：1时繁殖最快，易成为优势种，形成绿色水。
而其它单胞藻和大型藻类在氮磷比1：1时会快速生长形成一些不良水色。
(铁锈水)
水体的营养水平影响藻类的生长繁殖，进而影响水体浮游生物的数量和种类，导致水环境中优势种群的差异，从而影响水色。
