《水浒传》借北宋的历史背景，隐写明朝的秘史，这是毫无疑问的。那么，写的又是哪段明朝历史呢？书中写道：“自庚申年间，受禅开基即位，在位一十 七年，天下太平，自此定矣。传位与御弟太宗即位。太宗皇帝在位二十二年，传位与太子即位，这朝皇帝乃是上界赤脚大仙”。这段话，是《水浒传》的总纲，全书就是围绕这段话来展开故事的。
稍微留意一番，就不难发现，这段话中遗漏了一个皇帝宋真宗。这种“错漏法”在《水浒传》中比比皆是，不知者以为施耐庵不懂历史写错了。这处“错漏”隐藏了两段历史：北宋时期的“金匮之盟”和“烛影斧声”，明朝时期的“孙立”。作者的寓意是：假如没有“金匮之盟”，或者宋太宗孝义而遵从母亲杜太后的盟约，不把“金匮之盟”变成虚钱实契，赵恒肯定就做不成皇帝。“烛影斧声”的历史，隐藏在“李逵斧劈罗真人”的故事中，“神行太保戴宗”，这五个字中就隐藏了“太宗”。
“孙立”，指的是朱洪武立孙子朱允炆为皇帝。故意遗漏宋真宗，那就是上一任皇帝把皇位直接传给了孙子。正是因为朱洪武“孙立”，导致了明朝大火并，这场大火并就是“靖难之役”。《水浒传》就是以“靖难之役”为主线，借用北宋徽宗时期的梁山起义，隐写了大明王朝“靖难之役”的历史，并且，揭露了诸多历史真相。
靖难之役有两个策源地：南京、北京，就是开篇引首中说的“自江南直至两京，无一处人民不染此症”中的“两京”。北宋有四京，明朝只有两京，所以，《水浒传》中的梁山，其实写的是北京，是永乐皇帝之后的大明都城。
杜太后的“金匮之盟”迁转了北宋皇位传承世系，是为“杜迁”，杜迁背后有暗藏着“孙立”。因为皇位传承这件事，“三十六员天罡，下临凡世，七十二座地煞，降在人间。哄动宋国乾坤，闹遍赵家社稷”。天罡地煞齐聚梁山，就是为皇帝谋朝篡位而造反。《水浒传》立意于此，只写到“水浒寨中屯节侠，梁山泊内聚英雄”便结束全篇，根本就没有投降招安的故事。历史真实中，燕王朱棣是没有向建文帝投降的。
明刻容与堂百回本，以及现在同行的一百二十回本，梁山大聚义之后，全部是续书，不是真水浒传。梁山好汉离开了水泊梁山，还叫“水浒传”吗？
因为妖魔蠢蠢欲动，“嘉祐三年三月初三五更三点”，宋仁宗驾坐大唐大明宫紫宸殿，商议祈禳瘟疫之事。“朱说（范仲淹）”越班启奏，宋仁宗诏令殿前太尉、内外提点洪信前往龙虎山诏请嗣汉张天师来京城祈禳瘟疫。为何说宋仁宗驾坐大唐大明宫，宋仁宗为何穿越去了唐朝呢？
第一回“张天师祈禳瘟疫，洪太尉误走妖魔”的卷首，引用的是唐代诗人王维《和贾舍人早朝大明宫之作》，书中也写的是“话说大宋仁宗天子在位，嘉佑三年三月三日五更三点，天子驾坐紫宸殿，受百官朝贺”。紫宸殿，就是唐代大明宫三殿之一，是大唐群臣朝见天子的宫殿。王维诗中的“绛帻鸡人报晓筹”之“鸡人”，指的是明朝南京皇城附近的鸡鸣寺，以及“景阳楼”，景阳楼便是《水浒传》中的景阳冈。时迁在祝家店偷报晓公鸡，引发了“三打祝家庄”，这段故事写的就是“三打朱家庄”。施耐庵在这段故事中，再现了燕王朱棣攻克南京，建文帝神秘失踪的历史。
祝家庄最后一战，施耐庵同样以“错漏法”隐写了很多“靖难之役”的秘史。这段故事写得十分神秘，其中，栾廷玉神秘失踪，令自命不凡的金圣叹都“弥月不快”。金圣叹不知其中暗藏了真故事，但却隐约意识到，这段故事作者用了“史笔”。
书中写道，梁山以孙立为内应，以四路人马围攻祝家庄。四路人马中，有三路交代了带兵的主将，还造大船、以梁山水军正将为副将。这三路人马分布在正东、正南、正西，唯独正北一路没有交代谁是主将。这一笔，就对应了“嘉祐三年三月初三五更三点”，是来自玄武方向的军马。
宋仁宗早朝时间之所以写得如此精确，其目的就是要淡化“三月初三”。这个时间节点又出现在“还道村受三卷天书，宋公明遇九天玄女”的故事之中，九天玄女驾坐紫宸殿，给宋江赐了三杯仙酒、三枚仙枣、三卷天书，再加上天书的尺寸，就构成了“嘉祐三年三月初三五更三点”。其中的“三月初三”，就是玄武大帝的诞辰，九天玄女之“玄”，其实隐藏的是“玄武”之玄。
建文元年（1399年）燕王朱棣北平起兵“奉天靖难”，以玄武显圣誓师。夺位成功后，朱棣自称玄武大帝转世，在武当山大建玄武道场，形成九宫八观、三十六庵堂、七十二岩庙、三十九桥、十二亭的庞大道教建筑群。梁山三十六天罡七十二地煞的来源之一，便与武当山建筑群有关。所以，施耐庵以《史记·天官书》中的“天枪”、“天棓”为书中的“枪棒”，梁山好汉几乎人人都喜爱枪棒，他们象征的是燕王的靖难大军，也就是“禁军”。
三打朱家庄正北一路人马才是实写，主将就是燕王朱棣。栾廷玉实则“銮庭御”，暗喻建文四年六月十三这天，建文帝前往南京左顺门*了准备做“李应”的徐增寿（三寸丁）。然后，又去左顺门*谷王朱橞（谷树皮）、曹国公李景隆（李九江，书中的江州）。此时，朱橞、李景隆已经打开城门，燕王进城。施耐庵在《水浒传》中暗示，建文帝在正西北方向被“天策上将”射*了。
