清朝后期，由于长期的封禁政策，黑龙江流域的人口稀少。第二次鸦片战争期间，沙俄看到了清朝的虚弱，便卷土重来，重新侵入了黑龙江流域。沙俄军队几乎未遇抵抗，如同进入无人之境。
面对沙俄的胁迫和侵略，清朝割让黑龙江将军辖区和吉林将军辖区，其中黑龙江将军辖区失去了黑龙江以北的土地，吉林将军辖区则失去了乌苏里江以东包括库页岛在内的广阔地区，这使得吉林失去了漫长的海岸线，沦为内陆地区。
面对外来的压力，清朝被迫废除了柳条边措施，这使得关内的百姓得以进入关外垦殖谋生，从而开启了关外地区的新一轮开发和人口增长。
哈尔滨地区由于其得天独厚的自然条件，成为了吸引人口迁移的重要目的地，地形平坦、土地肥沃、水源充足，这为农业发展提供了坚实的基础，到了19世纪末，这里已经形成了数十个村屯，人口规模不断扩大，社会经济也得到了显著的发展。
哈尔滨的地理位置非常优越，西部邻近齐齐哈尔，南部接近长春，更向南则是沈阳和旅顺，在19世纪末和20世纪初，东清铁路（即中东铁路），它的北部支线从满洲里延伸到绥芬河，南部支线则从哈尔滨出发，经过长春、沈阳，一直延伸到旅顺，这极大地促进哈尔滨的经济发展和城市繁荣。
哈尔滨在成为铁路枢纽后，经济得到了飞速的发展，人口也不断增多，逐渐展现出了近代城市的雏形。1907年，清政府对盛京、吉林、黑龙江三个将军辖区撤销，设立奉天、吉林、黑龙江三个省份，在新设立的三个省份中，哈尔滨归属于吉林省滨江厅治。
