那之后霍华德·斯塔克和特工卡特等人建立了神盾局，九头蛇组织也暗中潜伏到神盾局中，老蚁人汉克·皮姆同样和神盾局建立了羁绊。1988年，彼得·奎尔在母亲去世后被勇度绑架，1991年，霍华德·斯塔克夫妇被冬兵刺*，之后儿子托尼·斯塔克掌控家族企业，并在奥巴代辅佐下成为新晋的商界明星。
90年代，神盾局特工尼克·弗瑞在任务中结识了惊奇队长卡萝·丹弗斯，冒险中卡萝逐渐找回身为地球人的回忆，也意识到自己的力量来自空间宝石宇宙魔方，最终在冒险结束之后，惊奇队长重返宇宙遨游冒险，弗瑞则对复仇者联盟产生了最早的构想。（《惊奇队长》，从时间线上这部电影发生在旧时光，电影本身则是第三阶段的作品）
21世纪，已经成为知名军火商人的托尼·斯塔克被恐怖分子绑架，困境中他自制了机械盔甲脱身，从此成为钢铁侠，并一路揪出幕后黑手正是家族友人奥巴代。接下来他遇到了尼克·弗瑞的招募，随后又遇到强敌鞭索的挑战，并结识了神盾局派来的强力特工黑寡妇娜塔莎，在一切暂告结束后，钢铁侠成为复仇者联盟的预备成员。（《钢铁侠》、《钢铁侠2》）
同样在21世纪，物理学家班纳博士因为用自己做伽马射线的实验而异变为绿巨人，愤怒时就会变成强大却难以控制的浩克，为此只好离群索居躲避到巴西。他女友的父亲罗斯将军却一心想抓捕班纳，将绿巨人的研究用于军事目的，最终反而塑造出更恐怖的怪物憎恶。绿巨人和憎恶在纽约一场大战，击溃了憎恶，随后班纳博士再次远走。（《无敌浩克》，之所以说这部电影的时间线晚于《钢铁侠》，是因为结尾处的彩蛋托尼已经提到在组建英雄团队了）
就在钢铁侠和鞭索对抗之时，阿斯加德的王子索尔也因好大喜功，勇猛无脑而被父亲奥丁放逐到地球之上。在结识了地球姑娘简后，索尔逐渐找到了王者和英雄的真谛，并发觉一切的幕后黑手其实是弟弟洛基。最终在仙宫彩虹桥大战中索尔击败洛基，洛基坠入了宇宙深处。（《雷神》）
