MCU的第二阶段颇为短暂，剧情也以过渡和延伸为主。除去三位核心英雄的故事，《银河护卫队》则令人眼前一亮。这部电影讲述的是少年时被掳走的彼得·奎尔长大后成为宇宙盗贼星爵，在一次任务中他私吞了一件物品，却不知道那是无限宝石中的力量宝石。灭霸和其党羽罗南都盯上了这件神器，星爵和他们派来的刺客卡魔拉纠缠时又遇到赏金猎人火箭浣熊和树人格鲁特，混乱中几人被山达尔新星军团抓获关入监狱，结识了毁灭者德拉克斯，一行人就此组成了银河护卫队。银河护卫队的成员们经历了连番冒险，最后达成共识要阻止罗南利用力量宝石毁灭山达尔，星爵一场尬舞拯救世界。（《银河护卫队》）
《银河护卫队》在这时还属于支线故事，MCU的核心剧情依旧发生在地球。复仇者联盟在地球重聚扫荡九头蛇残部，在索科维亚的行动虽然被红女巫和快银姐弟稍稍干扰，但并不妨碍众人取回心灵权杖。随后斯塔克和班纳对权杖的研究创造出邪恶的AI奥创，英雄们又开始了阻止奥创灭世计划的征途。最终快银牺牲，猎鹰、战争机器、红女巫和另一位被奥创创造的AI幻视加盟了复仇者联盟。（《复仇者联盟2》）
MCU第二阶段并非以《复仇者联盟2》收尾，在这个阶段的最后，漫威影业还讲述了蚁人的故事：有着高智商的小偷斯科特·朗出狱后本打算从良，却被种种原因趋势着再次行窃。可是这次他偷到的竟是一件能让人缩小的超级战衣，原来这是老蚁人汉克·皮姆为组织自己技术外泄造成世界动荡而准备的计划。最终在皮姆和其女儿霍普的帮助下，斯科特战胜了敌人，成为一位真正的英雄。（《蚁人》）
漫威电影宇宙第三阶段：英雄的分歧和陨落
在进入第三阶段后，漫威电影宇宙的整体剧情开始变得沉重和悲凉，虽然中间穿*风格尚算欢乐的《蜘蛛侠：英雄归来》和《银河护卫队2》，但开篇的《美国队长3：内战》和结尾的《复仇者联盟3：无限战争》给整个阶段奠定了低沉的基调。
第三阶段的故事开始于复仇者联盟扫荡九头蛇余党，不幸在尼日利亚造成了平民伤亡，为此政府力量准备推动限制超级英雄的法案。钢铁侠等人对此持赞成态度，美国队长为首的一些英雄则强烈反对，恰逢其时，在索科维亚战斗中失去家人的泽莫策划了向复仇者联盟复仇的阴谋，冒充冬兵炸死瓦坎达老国王，这使得美国队长和冬兵面临连番挑战，不仅来自泽莫，也来自复仇的瓦坎达新王黑豹，以及复仇者联盟的内战。最终泽莫还指出当初正是冬兵刺*了钢铁侠的父母，引发钢铁侠和美国队长的激战，队长打倒钢铁侠，选择离开，复仇者联盟遭遇重创。（《美国队长3》）
