《晓月圆舞曲》中共有120种魂可以收集，其中110种来自消灭敌人随机掉落，根据功能可以分成几大类：
红魂（Bullet Soul），主动攻击型技能，需要玩家通过按方向键上 B键使用并消耗一定MP，红魂是重要的伤害输出手段，尤其是后期一些威力巨大的红魂；
蓝魂（Guardian Soul），持续型技能，需要玩家按住R键使用并持续消耗MP，蓝魂除了能短时间提升主角能力属性外，部分蓝魂还是初期探索地图必需的技能，例如在空中下落速度变慢，这样就可以跳到更远的地方；
黄魂（Enchanted Soul），被动技能，无需玩家使用，只要装备上即可发挥效果，包括提升能力数值、免疫属性攻击、打怪经验值和金钱增加、能看到可破坏墙壁从而进入隐藏房间、购买物品更加便宜等，此外有些地图探索能力也需要黄魂，例如在水面行走、潜入水中等；
银魂（Ability Soul），用来解锁推进剧情的重要技能，大多数探索地图的能力都在这里，通常需要完成BOSS战才能获得，算是整个游戏任务的关键道具。
游戏中玩家可以在菜单中设定魂，红蓝黄可同时各装备一种，只要打怪掉落后就可以使用，这样一来在游戏中追求全部魂收集，就成了重要目标之一。有些魂掉落几率非常低，再加上对应敌人不好打，玩家需要花不少时间才能攒齐。不过本作也提供了另一种形式，每种魂都可以收集多个，然后利用GBA掌机联机线，可以实现不同玩家之间交换魂，不过推进剧情的银魂必需自己亲自打才行。我当年玩的时候，有一种飞鱼敌人令我印象非常深刻，只在某个房间里出现，进去后空中会有个怪物一闪而过，正常情况下根本打不到，需要预判好利用时间静止能力，才有机会消灭之并获得魂，当时只怪自己手残，费了半天劲也没搞定，最后花了10元从小伙伴那里买了一只。
本作也继承了《月下夜想曲》中经典的普通结局 隐藏真结局设计，玩家如果不看攻略，很有可能就是把BOSS一顿暴打之后游戏就结束了，而要体验真正的结局，需要在BOSS战时装备特定的三个魂，接下来才能面对终极挑战，进入隐藏的地图混沌世界，并在那里完成最后一战。主角苍真竟然是德古拉附体，这样的设计也是令很多玩家感到意外。
《晓月圆舞曲》的地图仍然采用了多种风格场景融合为一体设计，分布在各处的存盘室和传送点让玩家探索变得非常方便，不同于《月下夜想曲》的正逆城，以及《白夜协奏曲》的表里城，本作只有主城和独立的混沌区域。需要注意的是玩家在混沌区域中，是无法查看地图的，想完成全地图探索的话，最好是借助攻略人工记录地图。这种大城 小城的设计，在五十岚孝司独立开发的精神续作《赤痕 夜之仪式》中继续采用，不同的是所有区域地图都是清晰可见的。
本作与GBA前两作相比，在人物刻画上有了明显提升，除了背负沉重使命的主角苍真外和女友白马弥那外，贝尔蒙特家族的“J叔”尤利乌斯、御姐造型的洋子、神秘人物有角幻也、军人形象的商人哈马、帅气迷人的反派琼斯，众多特色鲜明的角色，通过小岛文美的原画给玩家留下了深刻印象。游戏的背景音乐也极大烘托了玩家的冒险氛围，不过受限于只有8MB的卡带容量，只能使用GBA自带的音源格式，大大限制了表现力，甚至单独推出的OST也没有任何改善，整个三部曲的音乐直到今天仍然只有GBA原声，对于喜欢恶魔城音乐的玩家来说实在是非常遗憾。
