甲藻喜欢生长在有机物质多、硬度大、微碱性的水体中。它们大理繁殖时，水呈红棕色俗称“红水”。甲藻的危害：甲藻为一大类鞭毛藻的总称，体呈卵圆形，大量繁殖时，常可改变其生活水域的颜色，有些甲藻可以作为某些水产幼体的饵料，但其中有些类群，在繁殖过程中，可产生多种毒素，引起鱼类的神经麻木，代谢失调及呼吸障碍，最后导致死亡。卵甲藻还能附在鱼身上，过寄生生活，吸收鱼体养料，刺激鱼体增生粘液，使鱼体像涂了一层米粉似的，故称“打粉病”，甲藻的防控同蓝藻。
隐藻的优点隐藻是天然水域中最重要的鞭毛藻之一，隐藻含量丰富的水塘具有很高的生产力。隐藻的蛋白质含量较高(50%～70% )，而且某些种类，如卵形隐藻(Cryptom onas ovata)还含有较为丰富的不饱和脂肪酸，特别是具有较高营养价值的GLA (十八碳三烯酸)和EPA (二十碳五烯酸)，它们分别占总脂肪酸含量的20%、16%和4%。隐藻有较高的营养价值，加之其无纤维素的细胞壁极易被消化吸收。因而，是鱼类及某些珍贵水产养殖动物的优质饵料之一。
隐藻的缺点：隐藻的生长周期较短，容易发死亡，水色为灰褐色。
硅藻的优点是：个体小，适口性好。运动速度及分布情况与幼体活动习性一致，便于摄食，即摄食的机会更多。营养丰富且易于消化吸收，本身及其代谢产物无毒,，不影响幼体、苗种的正常生长。有利于优良浮游单细胞藻类繁殖，保障鱼、虾的营养充足，确保鱼、虾苗吃饱长快，增强抗病力和提高成活率。高效、无残留，保护养殖环境，稳定水质，不污染池塘。有效降低水中氨氮含量，溶氧度高，水色好。
①绿藻的应用：由于绿球藻具有易培养、细胞壁薄、营养丰富等特点，目前主要作为饵料应用于水产养殖业中。
②绿藻的优缺点：在我们池塘养殖中大量生长的多为小球藻，因其个体较小，营养丰富，是轮虫的优良铒料。能够使水体中产生大量轮虫，较为适合鱼、虾、蟹幼苗的培育。可直接作为水产幼苗的开口饵料，也可培育轮虫用来喂养幼苗；但由于其个体较小，养殖的成品鱼类对其的利用率不高，可作为调水产品来使用。
