很快机器军队开始反攻人类领土，人类的世界被机器人以摧枯拉朽之势占领。
这时人类为了生存，想到了除了同归于尽之外无可奈何的办法，由于机器人主要利用太阳能获取能量，人类用特殊武器把天空遮盖，让地球变成一个永不见天日的环境，从而以此来断掉机器人的能源。
但事与愿违，机器人似乎并没有失去能源，机器人和人类的战争还在继续，人类的局面依然处于弱势，这也涉及到之后深度解析机器为何奴役人类获取能源的争议，有机会再深入聊。
当全世界被机器人占领后，机器人开始试着反向征服人类，拿人类来做各种实验，并发现从人体中能分解出机器需要的能源。
人类的领导者感到绝望，这时候才想着当初机器大使带来的苹果和平，并想试着和机器达成和解。
这次机器依然带着苹果前来签署人机和平条约，但这怎么可能，机器现在仅仅只是把人类当做赋予机器生命取之不尽的电池罢了。
在和平签署会上，派来的机器人自我引爆，人类的独立文明历史被机器人翻到最后一页，进入到新的机器奴役人类篇章。
在人工智能研究人类的过程中，机器发现为了能让每个人能最持久的乖乖发电，就是要把人从出生到死亡都放在容器中，并插入各种管子维持生命，但仅仅这样还不能做到人类最大化的长寿，于是机器开发了针对于人类的虚拟世界，让人类的意识活在这个虚拟空间，这个虚拟空间极力逼近人类曾经生活过的文明世界。
活在虚拟世界的人类，以为自己就是原本生活在这样的”真实“世界中，绝大部分的人类在虚拟世界出生，成长，读书，工作，生活直到老去死亡。
而这些人类的真实的肉体，被浸泡在容器中给予机器能源。
黑客帝国的开端，就是设定在1999年的虚拟世界中，影片中有位名叫尼欧的黑客高手，他的命运，将会开启电影《黑客帝国》系列的故事....
黑客帝国黑客帝国目前三部曲都是以经典的代码雨做开场，相信第四部也会是一样，前两部代码雨直接zoom in进入到场景画面，代表着那是矩阵母体的虚拟世界，第三部是从代码雨反弹出去到真实现实世界。
第一部代码雨进入后，警察进入到一个破旧的建筑，其中303房间里，崔妮蒂在里面被警察抓个正着，崔妮蒂的名字英文读音和3相近，数字在黑客帝国系列有着特别的含义。
