得益于世界观背景的深刻构建，“黑客帝国”系列可以在剧情本身之外，逐步展开人文命题上的探讨。
比如男主角尼奥在电影中被孟菲斯视作是救世主的化身，然而在锡安的许多民众看来，尼奥的救世主身份却是饱受争议的，在虚拟世界和锡安世界的反复穿梭间，尼奥也逐渐陷入了自我怀疑。
但是随着故事的进一步展开，在与机器人和虚拟世界的殊死较量中，尼奥已然发觉自己究竟是不是传说的救世主已然不重要了，只要坚持斗争，坚信自己就是救世主，那么人类就有最后的希望。最终，凭借这份坚定不移，尼奥带领锡安的人民打破了虚拟世界的界限，成功带领人类实现了自我救赎，实现了此前数位救世主所无法实现的理想。
《黑客帝国》与现实世界一部成功的科幻类型电影不仅能够带给人们无与伦比的视觉体验，同时亦会引发观众的现实思考，“黑客帝国”系列的成功和其现实寓意亦是具有密切关联的。
上世纪90年代正是电子科技突飞猛进的时代，高科技和互联网的发展在改变现代文明的同时，亦带来了无尽的担忧，许多有识之士纷纷表示必须警惕，甚至是制约人工智能的发展。
甚至许多科学家表示，假若有一日如果人类无法控制人工智能系统，那么具有独立意识的人工智能是否会成为人类末日的催化剂。
《终结者》、《机械战警》等一类看似遥不可及同时又具有一定现实意义的科幻类型电影便是基于这一历史背景创作而成的。
而作为世纪之交，以人工智能和高科技作为电影主题的《黑客帝国》自然也无法绕开这一现实担忧，某种程度上，《黑客帝国》甚至将对人工智能对人类文明的威胁进一步的具体化。
但是，相比以往同类型影视作品中对人类的片面刻画，《黑客帝国》值得赞扬的是，整个故事并不完全将现实的苦难完全归结于科技的发展，而是引导观众反思人类的野心和*是否是世界末日诞生的根源。
相较于现实世界中那些软弱妥协的人类，那些在虚拟世界中仪表堂堂，具有人间真情的电子程序是否更能表现出人性珍贵的那一面。
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