红蜘蛛
霸天虎的战略方针主要是掠夺，而震荡波后来发现，统治要比掠夺有趣得多，尤其是变形技术出现后，更加需要发展科技，霸天虎于是开始进行殖民战争，到"铁堡保卫战"前为止，霸天虎已经占领了塞伯坦85%的土地了，汽车人只剩下首都铁堡和其他几个大城市了。
当擎天柱和威震天因为太空桥大爆炸而被认为已经同归于尽，生死未卜，汽车人和霸天虎群龙无首之时，传说中的堕落金刚再次降临塞伯坦。除了堕落金刚所拥有的可怕力量之外，很少有塞伯坦人知晓他的其余细节。塞伯坦历史上的黑暗时代由此拉开序幕，各地出现各种原因不明的大灾难。堕落金刚及其侍从"混沌三人组"（蝙蝠魔、雷震、臭虫）为实施解放仪式而捕获了钢锁等四个变形金刚作为祭品，引起汽车人和霸天虎的公愤。
堕落金刚准备开启塞伯坦深处的火种之源处元始天尊留下的封印，却最终被巨大的能量吞没消失。与此同时，汽车人和霸天虎两派联手中止了堕落金刚的仪式，却发现堕落金刚已经失去踪迹。关于堕落金刚的再次降临的使命，是一个永远无法解开的谜，后期部分学者的历史研究认为堕落金刚的回归是要解除塞伯坦深处对宇宙大帝的封印。
唯一可以肯定的是：堕落金刚，这个非常古老的塞伯坦人同汽车人和霸天虎共同的祖先有着千丝万缕的联系。随着堕落金刚的突然出现和消失，汽车人和霸天虎临时组成的同盟再次分散，伴随着失踪的擎天柱和威震天的回归，塞伯坦内战继续进行……
500万地球年前，面对无尽的战争与能量的日益减少，许多塞伯坦人离开塞伯坦星前往宇宙深处，寻找新的能源。
大约在400万地球年前，随着霸天虎和汽车人数百万年以来的内战，整个塞伯坦的资源已趋消耗殆尽，同时发现在太阳系的第三颗行星——地球上蕴含有大量的能量，为此擎天柱组织修建了塞伯坦历史上最先进的宇宙飞船——方舟。知晓汽车人计划的威震天也建造了同样巨大且具备火力优势的太空战舰——暴影号，准备拦截并消灭方舟和所有的汽车人。
威震天任命霸天虎震荡波留守塞伯坦星，继续同汽车人的战斗，本人则亲自率领其得力助手驾驶暴影号追击方舟。霸天虎在威震天的率领下攻入方舟，危难之时汽车人激发了方舟上的扭曲穿梭器，在短暂的瞬间打开了前往太阳系的巨大虫洞，两艘飞船均坠落于太阳系第三颗行星 ——地球上，方舟坠落于圣代尔火山脚下，而威震天的超级战舰——暴影号却神秘失踪（后经证实是BW时期通过空间扭曲产生的虫洞来临史前时期地球的原始兽通缉犯霸王龙在得到了威震天遗留下来的金盘后，找到并启动了与方舟一同坠落于地球的暴影号，妄图利用暴影号对巨无霸及方舟进行最后的攻击）。
在此后的400万地球年里，由于缺乏启动的能源，方舟一直安静地长眠于圣代尔火山脚下。传奇的战士静静的休眠在火山脚下，等待着显像一号的再次运作，在地球上继续雄伟壮丽的内战。
扭曲穿梭器生成的虫洞
时间在缓缓流淌，塞伯坦人在继续着进化的步伐，塞伯坦星的文明也在继续……
BW和BM时期充满神秘和英雄主义色彩的创世纪之战和波澜壮阔，横跨银河系的内战均已在塞伯坦人的记忆中淡薄了颜色，接下来的BW和BM时代的战争冲突却充满了人文主义和哲学的高深印记。
300万至200万地球年前，昔日的汽车人和霸天虎都已不复存在，它们各自的后裔巨无霸和原始兽达成了和解，继续生活在塞伯坦星上。巨无霸及原始兽委员会行使着塞伯坦星的管理工作，松散的共和制重新回到了塞伯坦大地，但雄伟强盛的黄金时代已如过眼云烟般一去不返。
霸王龙从巨无霸那里偷走了威震天留给霸天虎后裔的金盘，成为全塞伯坦星通缉的逃犯。原始兽委员会为了妥协巨无霸，打算处决掉还在与巨无霸做斗争的通缉犯霸王龙。霸王龙伙同几个志同道合的原始兽驾驶着飞船，准备逃离塞伯坦，其中混有原始兽委员会派出秘密警察狼蛛勇士。
在漫长的宇宙航行过程中，霸王龙和这群原始兽所驾驶的宇宙飞船遭到了塞伯坦派来追捕霸王龙的猩猩队长的飞船的截击，追击途中飞船上的扭曲穿梭器被触发了，在短暂的瞬间打开了虫洞旅行带来了空间和时间上的改变。与50万地球年前的方舟和暴影号一样，两艘飞船均坠落于太阳系的Energois行星。
双方飞船在降落时均已坠毁，失去了返回塞伯坦的能力。经飞船探测器得知该星球表面存在有不稳定能量源，会对机械形态产生影响。原始兽和巨无霸扫描了该星球史前生物的形态，得到了适应不稳定能量源和原始环境的野兽形态，野兽战争（BW时代）正式开始。
正当巨无霸与原始兽在史前的蛮荒星球展开如火如荼的野兽战争时，未知的外星人（后证明是Vok星人）介入了两派间的战争，猩猩队长为了为破坏Vok星人的星球破坏器而牺牲。星球破坏器爆炸后产生了量子流风暴，促使了巨无霸和原始兽的进化，金属变体金刚就此产生，不稳定能量源消失。
了解了Vok星人的阴谋后，交战的两派最终发现Energois行星就是史前时代的地球，同时原始人类已经出现。犀牛勇士利用再生舱技术复活了金属变体猩猩队长。在宇宙空间中游荡的红蜘蛛的不灭火种侵占了黄蜂勇士的机体，仍逃脱不了火种再次游荡的命运。深受原始兽武士精神感召的恐龙勇士认为霸王龙背弃了原始兽尚武高贵的传统，在夺取原始兽领导权的计划失败后转投巨无霸。
重新初始化程序变为原始兽的霸天虎战士机器狗带着塞伯坦星原始兽委员会的命令来到史前的地球拘捕通缉犯霸王龙，在金盘中得知威震天保留给原始兽的信息后，决定帮助霸王龙勇士改变历史，最终战死在史前的地球。原始兽的领袖霸王龙根据金盘中的信息，找到了地球上的圣希尔火山，并妄图按照金盘中的信息改变历史，消灭生活在火山峡谷中并将在未来左右霸天虎命运的原始人类，改变未来霸天虎失败的命运。
弃暗投明的原始兽恐龙勇士深受武士精神感召，为了保护人类和历史的完整性，以一己之力击败了六名原始兽战士，终因耗尽火种而死，挽救了整个峡谷里的原始人类，摧毁了金盘，并促使原始人类学会了石器的使用，促进了人类的进化。霸王龙借用拥有不灭火种的狂飙的部分火种，结合塞伯坦的克隆技术和Vok星人遗留的飞船中承载的金属变体（TRANS METAL）技术，制造出了完全服从自己的金属变体恐龙勇士。
偶然之中，巨无霸发现了被圣希尔火山掩埋的方舟，原来400万地球年前突然失踪的汽车人和霸天虎们早已来到地球，正处于休眠状态，静静的等待着再次苏醒，继续战争的命运。霸王龙强行进入方舟，妄图造成时空悖论改变历史，并摧毁了处于休眠状态的擎天柱的头部，引起时空聚变，几乎毁灭了整个巨无霸。为了保持与领导模块融合的擎天柱的火种不灭，猩猩队长将领导模块纳入体内，得以进化为金属变体二型猩猩队长。与此同时霸王龙也利用威震天的火种进行融合完成进化为火龙形态霸王龙。
野兽战争决战终于爆发。
据记载，霸王龙找到了传说中霸天虎坠落在地球的太空战舰--暴影号，并欲借助暴影号的反物质炮来摧毁方舟，改写历史。在最终恢复神智后的金属变体恐龙勇士的帮助下，猩猩队长最终战胜了霸王龙，而金属变体恐龙勇士也为此献出了生命。
连同仅存的巨无霸，猩猩队长押解着通缉犯霸王龙展开了从地球返回塞伯坦的漫长奥德赛之旅，而野兽战争画上了一个完满的句号。押解着通缉犯霸王龙的巨无霸飞船在通过扭曲穿梭器制造虫洞返回塞伯坦的途中发生了重大错误，致使霸王龙先于巨无霸回到了塞伯坦，并控制了整颗塞伯坦星球。
猩猩队长和仅存的巨无霸终于返回了塞伯坦，冥冥之中领导模块指引他们重新得到了野兽变形形态，并意外发现了塞伯坦存在有机生命形式的证据。通过魔力神球和存在于其中的元始天尊的意识——圣贤，巨无霸了解到了整个塞伯坦的过去，现在和可能存在的未来。
霸王龙通过火种分离技术分离摆脱自身有机形态的束缚，妄图完全消灭塞伯坦的有机生命形式。而这段无机生命形式与有机生命形式相抗争的时代，被后世称为野兽机器（BM时代）时代。火种在世间不仅会受到圣贤的指引也会受到邪恶的诱惑，有些火种经受不住贪婪、懒惰、仇恨、妒忌等负面因素的诱惑最终堕落。邪恶本身并不强大，而是通过控制*和负面的思想来表现自己，强大自己。拒绝诱惑才可以获得真正意义上的强大，拥有真正的力量，战胜表面强大的邪恶。
霸王龙对虏获来的巨无霸犀牛勇士和闪电勇士的火种进行抽取并重新格式化，得到了新部下坦克战车和利剑飞船，并通过克隆技术制造了大量的无机生命形式部队，原始兽和巨无霸的实力产生了巨大的反差。最终，利剑飞船最终找回了格式化前的记忆，回归了代表有极生命形式的巨无霸，而坦克战车没有经受住科技的强大的与野心的诱惑，最终成为了悲剧，直到火种回到领导模块中才幡然领悟。
猩猩队长最终悟出了为什么几百万地球年来汽车人与霸天虎以及其后裔都无法消灭彼此的根本原因——因为魔力神球和圣贤意识到只有双方的同时存在，彼此平衡，互相制约，才能促使塞伯坦文明更好的向前发展。引用到塞伯坦有机生命形式与无机生命形式间的战争这一点也同样适合。塞伯坦不应该只是死气沉沉的机械星球，而更应该是有机生命形式和无机生命形式和谐共处的乐园。
猩猩队长孤军奋战，被迫与吸收了所有巨无霸火种，控制了整个塞伯坦的霸王龙展开最后的决战，并最终悲壮的选择了与霸王龙同归于尽。他们的身躯一起消失在了巨大的爆炸种种，火种则溶入了领导模块——其他塞伯坦人的火种被释放了，除了猩猩队长和霸王龙之外的塞伯坦人都复活了。
塞伯坦内部处于被压制地位的绿色植物则源源不断的旺盛生长，最终使塞伯坦成为了有机生命形式和无机生命形式和谐共处的世界。而塞伯坦的黄金时代也再度降临……
时间环流中…在地球继续的内战公元532年，霸天虎中的红蜘蛛，轰隆隆，机器狗，喷气机入侵到了亚瑟王时期。公元1977年，美国使用宇宙飞船把一只收录了人类资料的金盘发射入太空，希望在茫茫宇宙中找到其他的智慧生命体。后金盘被亲自指挥暴影号攻击方舟的威震天发现。
手持金盘的原始兽霸王龙
公元1984年圣希尔火山爆发产生了巨大的瞬时能源，方舟内的超级计算机显像一号得以启动，它唤醒了所有的变形金刚，根据地球上的车辆和飞机为原型，改造了汽车人和霸天虎的变形形态，此后方舟更成为了汽车人在地球的总部。我们的祖先见识了地球上结构完全不同的有机碳基智能生命体——人类，在其后的若干年里，大多数人类集团与汽车人结盟，抵抗共同的敌人——霸天虎。
显像一号
在方舟满载着擎天柱和他英勇的汽车人战士离开塞伯坦后的1205个塞伯坦年以后，大停机现象突然发生，它熄灭了塞伯坦已经持续了46952塞伯坦年的连绵战火。在这一时期，塞伯坦的所有塞伯坦人都处于静止休眠状态，整个星球一片死寂。发生大停机事件的具体原因仍是个谜，但是基本原因已经很清楚了。持续的战争不仅对星球外部造成了物理结构上的破坏，更对星球内部的能源储备产生了极其严重的负面影响。能源的问题很大程度上威胁了塞伯坦文明的发展，一旦星球上的能源完全耗尽，整个文明将永远处于静止休眠状态。
