1、对伦理道德方面的理解不同。程朱理学完全消除人的*，按照三纲五常去约束自己的行为。王阳明心学则主张跟从自己内心的*去做。
2、诞生社会背景不同。程朱理学诞生于封建社会相对繁荣时期，所以深受儒家思想影响；王阳明心学诞生于明朝中后期资本主义萌芽时期，开始摆脱儒学思维。
3、对物质与意识的关系认知有所不同。程朱理学认为在客观存在的事实下，只能有限度的实现目标，王阳明心学认为只要自己去做再加上自己自己的主观意识大部分可以成功。
两大思想不同点
(一)宇宙构成：程朱理学认为世界的本原是外在的“理”，“理”在人心之外，主张“即物而穷理”，是客观唯心主义。陆王心学认为世界本原是内在的“心”，认为“心即理”，主张“宇宙便是吾心”、“心外无物”、“心外无理”，是主观唯心主义。
(二)认识论：程朱理学主张只有深刻探究万物，以外在的天理为行为规范，才能真正得到其中的“理”。心学则认为人天生具有良知，天理就在自己心中，不需要通过世界外物或者咬文嚼字埋首经书，只要通过内心的自修自省，克服私欲，就能回复良知，成为圣贤。
(三)方法论：程朱理学偏重于外在工夫，主张“格物致知”(格物，接触事物;致知，获得知识),即通过对外物的考察来启发内心潜在的良知。陆王心学则偏于内在工夫，主张“致良知”和“知行合一”，认为良知是存在于人心中的天理(但良知容易被私欲侵蚀),所以要努力加强道德修养，用良知支配自己的行为实践，去掉人欲，以恢复良知。(程朱理学和陆王心学最大的差异在于求“理”的方法不同。)
