康熙三十三年（1694年），康熙诏噶尔丹前来会见，以订立盟约，罢兵休战。噶尔丹不但不理睬，还暗地里派人到漠南煽动叛乱。于是康熙决定诱敌南下，一举歼灭噶尔丹叛军。
清军在战前做了充分的准备，调集兵马，征调大批熟悉情况的蒙古人为向导，随军携带5个月口粮，按每名士兵配备一名民夫四匹马的标准，组成6000辆大车的庞大运输队，随军运送粮食和器材，还准备了大量防寒防雨的器具和大批木材、树枝，以备在越过沙漠和沼泽地时铺路。
第二年9月，噶尔丹果然率领3万骑兵自科布多东进，沿克鲁伦河东下，还扬言已经向沙俄借到6万鸟枪兵，将要大举南犯。
1696年，康熙决定第二次亲征。他调集了9万军队，分东中西三路进击：东路由黑龙江将军萨布素率领9000余人，越过兴安岭西进，出克鲁伦河实行牵制性侧击。
西路由抚远大将军费扬古为主将，率领来自归化和宁夏的4万多人，在今蒙古德勒格尔盖会师后北上，切断噶尔丹军的西逃之路。康熙亲自率领中路3万4千人从河北沽源北上，直指克鲁伦河上游。计划与其他两路大军夹击，在克鲁伦河一带歼灭噶尔丹军。
噶尔丹见康熙再次亲率精锐大军前来攻打，又听说西路清军已经越过土剌河，自己有遭到夹击的危险，便连夜率部往西逃跑。清西路军进抵土剌河上游的昭莫多（乌兰巴托东南），在距噶尔丹军15公里处扎营。
费扬古采取设伏截击的战术，以一部兵力在东边依山列下阵势，一部兵力在西边沿土剌河布防，而将骑兵的主力部队隐蔽于树林之中，振武将军孙思克率领步兵居中，扼守山顶。
战斗开始后，清军先以400骑兵出马挑战，诱使噶尔丹军进入伏击圈。噶尔丹果然率兵进击，企图攻占清军控制的山头。孙思克率步兵据险防守，双方激战一天依然处于相持状态。
费扬古指挥沿河埋伏的骑兵一部迂回敌阵，另一部袭击敌军阵后的眷属和辎重，这时据守山头的孙思克部也呼喊着往下冲击。噶尔丹军顿时大乱，慌乱之下夺路北逃，清军连夜追击了数十里，歼敌数千人，噶尔丹的妻子阿奴也在乱军中被打死。噶尔丹只带了几十名骑兵逃脱。
经过两次打击，噶尔丹叛军已经土崩瓦解，但是噶尔丹依然负隅顽抗。第二年，康熙再次下诏，第三次渡过黄河亲征。
05 朱日和的收复
此时，噶尔丹已经是山穷水尽，在他率军东侵漠北喀尔喀之际，他的大后方出事了，根据地伊犁地区被他的侄儿占领了。加上连年战争，噶尔丹“精锐丧亡，牲畜皆尽”。
噶尔丹兵败而归，走投无路，所率残部不过千人。他的残部听说康熙再次亲征，纷纷望风而逃，有的甚至反戈一击，做起清军的向导。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自*而死。
至此，康熙时期平定噶尔丹叛乱之战终于结束，清朝重新统一了包括朱日和在内的漠北喀尔喀蒙古地区。
