上海海事大学办学历史溯源于1909年的晚清邮传部上海高等实业学堂船政科，1911年邮传部高等商船学堂正式成立，历经易名、停办、调整和恢复，继为交通部吴淞商船学校、交通部吴淞商船专科学校、国立重庆商船专科学校、国立吴淞商船专科学校、国立上海航务学院。1958年，交通部重新组建上海海运学院。2000年，上海海运学院由交通部划归上海市人民政府管理。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。2008年，上海市人民政府和交通运输部签署共建上海海事大学的意见。
截至2022年11月，学校有临港（主校区）、港湾、民生路高恒大厦等3个校区，总建筑面积60万平方米；设有16个二级办学部门，开设52个本科专业；有3个博士后科研流动站，4个一级学科博士点，17个二级学科博士点，17个一级学科硕士学位授权点，64个二级学科硕士学位授权点，13个硕士专业学位授权类别；有专任教师近1300名，在27000余名学生中，全日制本科生近16000人，在校研究生近8000人。
截至2022年11月，学校设有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，工程学科和计算机科学、社会科学总论进入ESI全球前1%，港航物流学科保持全球领先。
按软科排名版大学排行榜看，上海海事大学2023年全国排名第180位；按艾瑞深中国校友会大学排行榜公布的数据看，上海海事大学2023年全国排名第222位；上海市内院校中排名第16位。
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