明朝虽然通过第一次河套争夺战获得了河套地区的控制权，但是由于明军在河套地区并未建立行之有效的后勤体系。征套大军累计八万，一年之内需粮银九十四万，草银六十万，运费更是需要八百二十五万，如此庞大的后勤消耗，无法维持明军在河套地区的存在，为此明朝采纳左副都御使余子俊的建议，在河套南部筑墙建堡，建立屏障。虽然保证了明军在军力不足的情况下可以凭借边墙防守，但由于仅在河套南部修筑，等于将整个河套平原地区都拱手让给了蒙古诸部，被《明史》称之为“弃套”。
第二阶段：蒙古鄂尔多斯部逐步侵蚀河套第一次河套争夺战之后，蒙古诸部大多离开河套地区，同时摄于明军在河套南部地区建立的军事威胁，河套在之后的二十年里经历了难得的和平期。但由于明朝消极保守的弃套行为，河套地区错失了这二十年的发展时间，而同时蒙古部推举巴图蒙克为蒙古可汗，史称达延汗（也就是著名的蒙古小王子）开始为统一蒙古，进行了一系列征战，并逐步侵蚀河套地区。
弘治十三年（1500年）达延汗趁土默特部迁往河套之际，攻灭同时兼并土默特部。之后任命其三子巴尔斯博罗特为统领鄂尔多斯部的万户驻守河套地区。从此以后，鄂尔多斯部一直没有离开过河套地区，蒙古也逐步获得了河套地区的控制权。
正德元年（1506年），总制延绥、甘肃、宁夏三边的都御史杨一清上疏提出防边四策，指出控制河套地区所具有的重要战略意义。计划在沿河套南端的延绥至横城一带设置墩台卫所，增加兵备，修复边墙，随即明朝开始修筑定边营。但由于此后，杨一清得罪了朝中专权的刘瑾而被革职，杨一清的“复套”主张随之遭到冷遇，朝中无人再提及收复河套，实际上面对鄂尔多斯部的大举侵蚀，明朝也没有足够的实力来恢复对河套的控制权了。
第三阶段：第二次河套争夺战-死于党争的复套战争随着明朝边防的逐步废弛，蒙古诸部再次入居河套，并以河套为基地加紧对明朝的内侵。嘉靖年间，俺答诸部强盛，屡次入侵大同、太原。明朝于嘉靖十八年（1539年）移三边制府镇花马池（今盐池）。
嘉靖二十三年（1544年），明总督三边侍郎曾铣力主收复河套，期间修筑大同西路、宣府东路边墙，主动出击河套，大败俺答部。并上疏《请复河套疏》得到内阁首辅夏言的支持。但此时权臣严嵩为打击政敌夏言，称收复河套会“轻启边衅”，同时勾结败将仇鸾，诬告曾铣对俺答实败未胜，克扣军饷，贿赂夏言以求加官进爵。后为严嵩勾连诛*。自此，明朝内部“无敢言边事者”。至此，明朝对蒙古诸部的入侵开始呈现一边倒的守势，河套完全落入蒙古诸部的手中，边患愈加严重。
河套存则边患息，河套失则边患起。从深层次来看，河套的丢失是明朝自身政治、经济及军事体制上各方面弊端共同作用的必然结果。
从政治上看，靖难之役后，朱棣将漠南诸卫的内迁造成了明朝军事力量的主动收缩，放弃了朱元璋时期辛苦得来的北方大片土地，其后明朝中枢又大多陷入党派之争，国事大多陷于内耗，良政大多为党争所累；
经济上由于边地偏远，经济落后，明朝开国之初朱元璋原本建立了极具建设边镇意义招商输粟换盐的开中法来维持边地的运转及建设，但后来的明朝继任者们并没有朱元璋那般长远的战略意识，未如国初那般重视边地的建设与开拓，反而为了解决短时的财政困难，直接废除开中法转用直接折现的折色法来扩大财政收入，这也就使得原本良性循环的内地-边镇经济循环体系遭到严重破坏，使边镇失去造血功能，并进而造成军费暴涨，再次成为明朝财政上的极大负担；
而军事上，随着卫所制的崩溃，边卫军力已大不如前，这也就迫使已经不具有足够军事实力的边卫不得不一次次被迫内迁。而河套的丢失，不仅仅使明朝失去了北部边境的最佳屏障，更使得原本完整的北部边境防御体系在失去大宁卫这个连接东北的关键节点之后，又一次失去了在西北的防御节点，自此明朝的北方防御体系已不再是铁板一块，而成了一堵处处漏风的墙。
河套地区对明朝而言无比重要。但明朝统治者却未能看到控制河套地区对明朝整个国家的安全所起到的真正作用，轻易的将已然掌握的河套地区拱手相让，使得明朝的北部防御体系在大同与宁夏之间出现了巨大的空档，造成蒙古诸部利用明朝军力的收缩逐步侵占河套地区，为明朝北部边境带来了持续不断的袭扰与损失，如果明朝能够正视自身的问题，重视河套的开发，或许明朝会是另外一番景象。
