晋明帝时期，桓温（桓玄之父）独掌朝政，发起三次北伐。成为桓玄控制西府军的政治资本
402年，朝廷派刘牢之为征西将军，讨伐桓玄。面对刘牢之的讨伐，桓玄派刘牢之的舅舅劝刘牢之放弃对朝廷的效忠，转投入桓玄的麾下，成功后共享江山。刘牢之，一来害怕桓玄的英名，二来担心自己势大后，步王恭的后尘，于是叛变加入桓玄。
桓玄在刘牢之的叛变下攻克建康，建立桓楚
桓玄在刘牢之的倒戈下，迅速击败了司马道子，并将刘牢之调离北府军之位，夺了他的兵权。发现上当受骗的刘牢之决定反叛桓玄，可当他把自己的计划和部将说时，再也无人支持。参军刘袭说到：“事之不可者莫大于反，将军往年反王兖州，近日反司马郎君，今复反桓公，一人三反，何以自立。”
东晋北府军
众叛亲离之下，刘牢之自缢而亡。刘牢之死后，刘裕渐渐掌控了北府军，并击败桓玄，拥护晋安帝在江陵复位，由此掌控东晋军政大权。在其后的二十年里，刘裕平定数次内乱，征谯蜀、仇池，灭南燕、后秦，收复洛阳、长安两都，并于420年，刘裕代晋称帝，建立刘宋，东晋灭亡。
在东晋十六国的乱世中，淝水之战成为改革整个中国格局的旷世之战。短暂统一的北方在淝水之战后，再次分裂成数个胡人政权互相征伐，而在淝水之战中击溃前秦的北府军，却也终结了东晋的百年国运，开启了一百七十年的南北朝历史。
420年，刘裕代晋建宋
曾亡于前秦的代国，在淝水之战后得以复国，并最终以北魏的身份，统一北方，并在后继者的努力下再次统一天下，结束自西晋八王之乱以来近三百年的乱世。
