很多时候秦琼都跟武圣人关羽相提并论，关公战秦琼虽然是笑话，但却也可见秦琼在家乡人心目中的崇高地位。
在凌烟阁二十四功臣中，秦琼排名末尾，这并不令人难堪，因为对大唐功劳更大的李勣，也只排到了第二十三位，由此可见凌烟阁功臣的排序，跟战功和人品无关——长孙无忌、李孝恭、杜如晦、魏征、房玄龄排名前五就很说明问题了：在玄武门之变前，魏征和房玄龄杜如晦不过是太子和亲王的参谋和清客而已。
李勣战功卓著，跟李靖并称唐初双子战神，秦琼在隋军、瓦岗军、唐军中都属于定海神针一般的存在，无论是张须陀还是李密李世民，都把秦琼当成最后一张底牌来使用，我们从三次战役中，就能看出秦琼的作用：有秦琼在身后，李世民和李密、张须陀，都会很放心。
秦琼是换过几次阵营，但那是他在选择能济世安民之主，秦琼绝不愚忠，王世充加封他为龙骧大将军，他却弃如敝履，在两军阵前直接投奔唐军——秦琼投唐，军衔实际是降了许多的：王世充给他的是隋朝高级军职，而秦琼刚进入唐营，得到的只不过是马军总管、秦王府右三统军而已。
有右三统军，那么就会有右一、右二和左一、左二、左三，这就是说，如果李世民有一军二师六旅，那么秦琼顶多只是个旅长，更何况秦王府的直属部队远不会有一军之多，而且秦王府除了统军，还有护军，尉迟敬德当过右一府统军、左二副护军，程咬金是左三统军。
秦琼从一个唐军低级将领百战余生，获得了唐高祖李渊的格外礼遇，不但受封上柱国（策勋十二转，也就是建立十二大功方可受封，详见《唐六典·卷二·尚书吏部》）、翼国公，而且还得到了御赐金瓶和热情洋溢的表扬信：“卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？”
对于李世民来说，秦琼就是他最后一道屏障，他之所以敢跟尉迟敬德到王世充军前挑战，是因为秦琼在他身后藏着呢：“太宗将挑战，先伏李勣、程知节、秦叔宝等兵。太宗持弓矢，敬德执槊，造建德垒下大呼致师，引贼以入伏内。于是与勣等奋击，大破之。”
如果敌将过于强悍，那就轮到秦琼出马了：“叔宝应命，跃马负枪而进，必刺之万众之中，人马辟易，太宗以是益重之，叔宝亦以此颇自矜尚。”
有秦琼在身后撑腰，李世民在两军阵前跳得很欢。作为一代英主枭雄，李世民目光是很敏锐的，他知道秦琼无论是在隋军还是瓦岗军中，都是定海神针：张须陀阵亡后齐郡子弟兵没有全军覆没，瓦岗军战败后李密生还，都是秦琼的功劳。
秦琼在齐郡通守张须陀麾下当六品建节尉的时候，跟东阿民团司令程咬金一样，都是为了保卫一方平安，他跟罗士信以一千破卢明月十万流寇，也是为了避免家乡生灵涂炭。
张须陀被瓦岗军李密李勣单雄信设计包围阵亡，是秦琼挺身而出，收拢山东子弟突围而出：“军败，须陀死之，叔宝以余众附裴仁基。”
张须陀阵亡于荥阳大海寺，秦琼带领余部撤退到了潼关——要没有秦琼收拾残局，从齐郡跟张须陀出来的子弟兵，可真就全军覆没了。
秦琼跟随裴仁基投奔瓦岗之后，又得到了李密的格外器重：“密得叔宝大喜，以为帐内骠骑，待之甚厚。”
