不过，魏徵后来机缘巧合成为窦建德军中的一个谋士，这让李建成很失望，不过好在秦王李世民率军在攻打王世充洛阳的时候，窦建德跑来作死，于是就被李世民给击败了，而魏徵也成功归入李唐。
但历经战乱的魏徵也消磨掉了那股傲气冲天，他也看透了因为战乱国家和百姓遭受的苦难，魏徵希望能够辅助一个明君，为这个伤痕累累的天下好好的修生养息；当灰尘土土的回到了长安，迎接自己的竟然是李唐的太子李建成，并且李建成十分诚恳的邀请魏徵作为自己的幕僚，魏徵十分感动，于是就成为了李建成手下的心腹。
李世民、李建成兄弟相争，魏征成为核心人物而秦王李世民其实也在寻找魏徵，但是听说被哥哥李建成捷足先登，十分的失望，自己也多次派遣手下去邀请魏徵，然而魏徵只说自己无法身兼多职而婉拒，也因此，李世民断了邀请魏徵的念头；而这个魏徵也成为了李建成和李世民斗争中的核心人物。
李建成是皇太子身份，因此，出行和说话都有一种居高临下的感觉，魏徵觉得这样会让太子失去人心，于是就多次进谏太子，希望他能够礼贤下士，对任何人都平等；李建成明面上答应魏徵，但是该怎么干还是怎么干，这让魏徵有一些失落，原本以为太子是一个栋梁之君，但是从现在看，太子也不长久，但是没办法，谁让自己是太子的幕僚，既然食君俸禄就要为君操心，魏徵还是为李建成而尽心尽力。
李建成不采纳魏征的意见，弄巧成拙后来李元吉加入太子党，李建成十分的开心，认为自己和三弟的联合是珠联璧合所向无敌，但魏徵看出其中的风险，首先，权力斗争最忌讳的是一方势力过大，另一个方面就是看似两王联合，但李元吉的狼子野心，魏徵是看的清清楚楚，李元吉绝对不是一个屈于人下之人。
魏徵也几次隐晦的和太子李建成谈这个事，但太子也只是云淡风轻的说：“我不信任我的弟弟，我还能信任谁？”其实说这话也有打脸的意味，你信任你弟弟，那么秦王也是你弟弟，你不是还处处针对他吗？但是魏徵多次劝也没有什么作用，也只得作罢。
后来，李建成为了防止别人害自己，竟然让心腹去边关走私一批兵器，这可是犯了唐朝律法的大忌，唐朝是不允许除皇帝所辖任何人拥有大规模的兵器，魏徵极力反对这种做法，认为这种做法就是给对手攻击中伤可乘之机。
但是李建成一意孤行，趁李渊去避暑的空档，用自己皇太子的身份给各关卡发放太子令，这事很快就被李世民手下发现，李世民直接让自己在一些关卡的旧将上书给李渊，揭发太子私运兵器的事情；当李渊在行宫里喝酒作乐的时候，一个告发的奏折打乱了行宫里愉快的气氛，李渊看到李建成的所作所为，气的直接把李建成喊过来骂了一顿。
同样李渊也是人精，很快就发现告发李建成的不只是一个小关卡守将，更是李世民的心腹，于是同样的把李世民骂了一顿；之后就不了了之了，对！李渊并没有怎么降罪给李建成，李建成还是太子，反而是李世民却被李渊猜忌了。
魏征献策李建成，外调李世民剥夺军权李建成知道事情之后，气得要死，就喊来所有的幕僚商量着怎么搞垮李世民，魏徵之说了一句话：“让秦王外调不就可以了！” 魏徵的建议的确是最好的措施，第一因为李渊最见不到兄弟相残，如果李建成对李世民直接下手，那么李渊一定会提防李建成，如果因形势所趋，将李世民外调，这也遂了李渊的想法，毕竟李世民手中掌握着不少军权，李渊早就想把军权夺回来，外调也是最好的拿回兵权的办法。
而这一次李建成接纳了魏徵的意见，上书给李渊，希望让秦王外调，李渊心底是同意这个建议的，但是当准备下诏，北方的蒙古十八部就打来了，李渊无奈只能让李世民在统兵去平定，于是李世民逃过一劫。
