记载顺治皇帝生平活动的《清世祖实录》中有一段关于顺治帝死前的最后记录：顺治十八年正月初一，顺治皇帝免去群臣的朝贺礼仪，而且祭祀太庙的仪式，也委派官员前往，而正月初二这一天，顺治帝感到身体不适，到初六已是大渐。大渐这个词，在古代是专指帝王病危的，而就在初六的夜里，深宫就传出了顺治驾崩的消息。对于顺治的突然驾崩，广为流传的有几种说法。
因情病逝说：
都说自古才子多风流，窈窕淑女君子好逑，普通人也是如此，而对于权力至高无上的皇帝也不例外。民间流传着这样一个说法：相传顺治皇帝迷恋上了一个名字叫做董小宛的江南名妓，并立她为贵妃，而顺治的母亲孝庄皇太后，对于这件事极度不满，如果传了出去，就会严重损坏皇家的颜面。于是，孝庄皇太后设计害死了董小宛，顺治皇帝悲痛欲绝，最终不治而亡。
患天花病逝说：
据记载，顺治八年的冬天，京城内爆发了大规模天花，死亡的阴影笼罩整个紫禁城，顺治皇帝也不得不远离京城。天花本来传染性极强，但在山海关外地广人稀，疾病传播的机会相对较少，而在满族入关之后，中原地区病菌的传播就比较厉害，加上水土不服，所以顺治被传染上也是很有可能的。
在大学士王熙的《自撰年谱》中，提到了顺治是因天花而去世的。他写到，在他应召进入养心殿后，病榻上的顺治帝对他说：朕得了痘症，恐怕是好不了了。所谓的痘，就是指天花，顺治皇帝从患病到驾崩，一共只有五天时间，他的病症和天花极为相似。顺治年间，一个叫张宸的官员的个人笔记中写到过，正月初七这一天，也就是顺治驾崩后的第二天，朝廷在传谕大赦的同时，还传谕民间不许炒豆、不许点灯、不许倒垃圾，而这些禁忌只有在皇帝出痘的情况下才会出现，京城内外出现了这种情况，这与大学士王熙的《自撰年谱》中记载的也是基本相吻合的。所以史学家们更认同顺治皇帝是因为患天花病逝的。
出家说：
在顺治皇帝死后不久，当时有一位很有名气的诗人吴梅村写下了一首《清凉山赞佛诗》，一些文学学者在解释这首诗的时候，发现这首诗迷离恍惚，字里行间不仅仅是在赞佛，吴梅村在诗中写到：“陛下寿万年，妾命如尘埃愿共南山槨，常奉西宫杯”。在朝中任职的吴梅村，深知朝廷内情却又不敢明言，于是把一些不为人知的事情，用非常隐晦的手法写进诗中，因而后人把他写的诗成为“史诗”。
当顺治皇帝和董小宛的故事在民间广为流传时，人们不禁猜想，吴梅村在诗中所写的陛下，会不会就是顺治皇帝呢？除此之外，诗中还有这样一句：“王母携双成，绿盖云中来”，根据《汉武帝内传》记载，里面的“双成”全名叫做“董双成”，是传说中王母娘娘的侍女，那这里的“双成”指的又是谁呢？《清凉山赞佛诗》中还写到，可怜千里草，萎落无颜色。千里草，草下千里重叠，这明显是指一个“董”字，再联想到诗中提到的“双成”，全名叫做“董双成”，而千里草映射出的又是一个“董”字，于是人们就更加地确信，诗中所说的“妾”指的就是董小宛，而陛下当然就是深爱着董小宛的顺治皇帝了。
关于吴梅村诗中写到的一句：“八极何茫茫，日往清凉山”。根据吴梅村的笔记记载，诗中的清凉山，指的其实就是佛教的圣地五台山，综合来看，吴梅村是否在暗示，顺治皇帝并没有死在宫中，而是瞒着所有人去到五台山出家了。
