似乎每一处寺院都不会被历史完全的保留下来，几经波折，被烧毁或者被重建都是命运使然。崇圣寺当然也不会躲过这些灾难。在清咸丰年间崇圣寺被烧毁，而只有三塔被完好地保留下来。到了20世纪80年代才连续对崇圣寺进行了恢复和休整。后来到了2004年大理文化局斥巨资1.82亿元人民币又重建了崇圣寺，保护三塔，并将建筑群落按主次三轴线、八台九进十一层布局来修缮和改建。
每一座寺院都会有大雄宝殿，崇圣寺的大雄宝殿是仿北京故宫太和殿，清代重檐九开间，有三层台基，殿面阔51.7米，高26米。处于寺院中心位置的建筑，是崇圣寺等级最高的建筑。依次有药师殿、护法殿、弥勒殿……财神殿、高僧殿、祖师殿等。
