八旗是清代最具特色的一种政治体制，关外时期它既是一种军事组织，又是一种经济组织，并且带有一定的私属性。入关后，在八旗内部，依据不同的从属关系，逐步确立了两层关系：第一层是上三旗与下五旗的关系；第二层是内务府三旗与外八旗的关系。这里就此两个问题分开来讲。
一、上三旗与下五旗
清太祖努尔哈赤晚年，沿用过去的遗制，将八固山（八旗）作为家族的私产，在亲近子侄中分配。领旗的旗主（和硕贝勒）享有经济、政治上的特权。清太宗皇太极即位以后，为强化自己的统治，在八旗内增设管旗大臣，由大臣牵制八旗诸王，又陆续削夺阿敏、莽古尔泰两大旗主，直接统辖正黄旗、镶黄旗、正蓝旗，但其余各旗仍分别由和硕亲王执掌。
顺治元年（1644年），世祖福临冲龄即位，叔父多尔衮以旗主身份摄政，实际秉执国家的最高统治。多尔衮与阿济格、多铎是亲兄弟，原领有实力雄厚的两白旗。顺治五年，多尔衮加豪格（皇太极长子）以莫须有之罪名，将其囚死狱中，并乘机将隶属皇太极一家的正蓝旗夺为己有。
多尔衮兄弟实领两白一蓝三旗，威权自专，形成对皇权的巨大压力。两年后，多尔衮病死，福临亲政，时年十四岁，济尔哈朗对多尔衮一系展开反击，迫令阿济格自缢（此前，多铎已病死），追论多尔衮悖逆之罪，下诏追削封爵，又兴起大狱，处死了多尔衮亲近贵族重臣数十人。
顺治帝福临通过这些努力，沉重打击了宗室强藩，巩固了皇权。他在原有两黄旗的基础上，又把隶属多尔衮的正白旗划归己有，成为新上三旗，即正黄、镶黄和正白三旗。从此，正式形成了上三旗与下五旗的体制。
上三旗归皇帝亲领，地位高贵，人多势众，构成了八旗的核心。下五旗各司其职，成为诸王、贝勒等宗亲的分封之地。上三旗与下五旗的分治，是八旗制度的一次重大变革，是以皇权为代表的中央集权进一步加强的明显标志。
康熙元年（1662年），圣祖玄烨继位以后，陆续分封诸兄弟子侄为下五旗王公，与原有本旗王公共同管辖每一旗人丁，于是一旗中便有王公数人，不再存在一个旗主专擅一旗的局面。
康熙十八年（1679年）确定王公府属官员名额，并规定王公府属佐领下人在各王公门下行走。至于各王公名义上领有的旗分佐领，则归各旗都统管理。都统掌“宣布教养、整诘戒兵，以治旗人”，直接接受皇帝令旨，各旗王公从此无权干预旗务。
上三旗下五旗制度，形成了正身旗人社会地位事实上的差别。上三旗守卫皇城，挑选侍卫，皇帝外出时担任扈从，是皇帝最倚重的亲军。下五旗除守卫京城外，被大批派往各地驻防戍卫。康熙帝冲龄即位时，以索尼（正黄旗）、苏克萨哈（正白旗）、遏必隆、鳌拜（镶黄旗）为四辅政大臣，均出身上三旗，这说明上三旗人在参与政治方面享有优势。
为了破除上三旗与下五旗之间的隔阂，鼓励下五旗人为皇帝建功立业，清廷特别建立了“抬旗”制度，由“满洲下五旗，抬入上三旗者，谓之抬旗”。其本支子孙准许一同抬旗，同胞兄弟仍隶原旗。皇太后、太后母家在下五旗者均准予抬旗。
以后，抬旗形式又趋于多样化，上三旗汉军可以抬入同一旗分满洲旗。康熙母家孝康章皇后一家，佟佳氏原隶属汉军镶黄旗，后抬入满洲镶黄旗，后族抬旗之例自此始。包衣旗人也可以拨出抬入满洲旗。不同形式的抬旗，成为清代满、蒙、汉军旗人间，上三旗人与下五旗人、正身旗人与非正身旗人间成分流通的一种特殊途径。
康熙年间，以下五旗为王公贵族的分封之地，和硕亲王不再像清初那样领有全旗，而是由皇帝从上三旗拨给十五个满、蒙汉军旗分佐领和包衣佐领作为私属，亲王以下诸王、贝勒，也分别领有若干佐领。
