我们之前详细讨论了清末陕甘回民反清运动的全过程，然而在清朝末年天下大乱之际，处于我国西南边陲的云南，也发生了回民反清运动，其规模和战斗力远胜于陕甘回民运动。在前面我们也提到过，最初发动陕西回民运动的首领赫明堂、任武是在参加了云南回民运动之后，返回陕西，随后在陕西策划并发动了陕西回民反清运动。那么，在云南发起的这场回民反清运动是怎么回事呢？
起因清朝末年，政治腐败，战争赔款剧增，政府加大了对百姓的压榨。于是，全国各地均不同程度的爆发了反对清政府的运动，其中最大的就是太平天国运动。
由于清政府的民族政策带有歧视性，回汉之间的矛盾日益加剧。咸丰五年（1855年）冬，云南临安府的汉民与楚雄府的回民为了争夺南安州石羊厂银矿而发生纠纷。以楚雄府知府崔治中为代表的地方官员却暗中进行挑唆，意在两伤，而坐收渔利之功。岂料，事态扩大，逐渐发展为械斗。1856年春，发展成回汉之间互相屠*的地步。云南巡抚舒兴阿更是下达了“聚团*回”的命令。
滇西杜文秀1856年6月，姚州（姚安）回民首先起事，次月攻克州城。8月，杜文秀在蒙化揭竿而起。9月，杜万荣、蓝金喜在大理起事。杜文秀闻讯，前往大理与之汇合。10月下旬，滇西回民军齐聚大理教军场，推举杜文秀为大元帅，授蔡发春为扬威大都督，并开始组织成立大理伊斯兰政权，宣布“遥奉太平天国南京之号召，革命满清。”
杜文秀（来源于网络）
1859年2月，董家兰率领“兴义营”团练军分水陆两军对大理发动突然袭击。陆路军利用棺木装火药将城墙炸开，夺取东城楼。而水路军在洱海遭遇大风浪，未能按时到达。进攻大理失败。在随后的战斗中，董家兰被回民军击毙，其属下张正泰为部下所*。兴义营所部陆续被回民军肃清。
经过数年发展，滇西大理政权发展日益壮大。见此情景，清政府于1860年1月任命褚克昌署理云南提督，办理滇西军务。褚克昌随即率军西进，面对褚克昌大军进攻，杜文秀一面发动滇东、滇南各族人民起事牵制清军，一面催促大都督蔡发春率军回援，同时致函马德新，以求东西夹击清军。4月底，各路回军均已到位，与清军展开激战。9月初，回民军攻克宾川清军大营，*死褚克昌，全歼守军。褚克昌部全军覆没。滇西回军在杜文秀指挥下，趁机横扫各地残余清军，至1861年10月，滇西二十余厅州县均在大理政权控制之下。
马如龙三围昆明城咸丰六年（1856年），云南巡抚舒兴阿下令“聚团*回”，马德新、马如龙等在建水起事。1857年春，马德新、马如龙、徐元吉等率领滇东、滇南回军向昆明进发，一路几乎未遇到抵抗。7月将省城昆明团团围住，围城三月，终因城内粮源断绝、战守无兵，云贵总督恒春自缢而亡；巡抚舒兴阿称病不出。
新总督吴振棫上任后，对围城回军采用了招抚的手段。1858年春，马德新、马如龙在“只欲报仇，不敢违逆”的主张下，与清政府达成和解，回民军撤围后散归各地。第一次围攻昆明宣告结束。
马如龙（来源于网络）
1858年，云南巡抚张亮基调集各路清军向回民进攻，马德新、马如龙趁机又再次起兵，滇东、滇南的回民军又再度发展起来。1860年9月初，在协助杜文秀全歼褚克昌所部之后，马如龙回过头来又将省城昆明团团围住。本次战斗中，徐元吉战死。最终在清政府的招抚下，马如龙签订和解协议后，随即撤兵。第二次围攻昆明又这样结束了。
云贵总督此时对马如龙的招抚，只是缓兵之计，并无诚意。于是，马如龙联合昆阳杨振鹏等部回民军，于1861年底对昆明展开了第三次围攻。到同治元年（1862年）初，昆明周边大小城池均被回民军所占领，昆明城了一座名副其实的孤城。此时的云贵总督徐之铭一面备战，一面派人对回民军进行招抚。大概是真正感受到了清政府的诚意，1862年3月，马德新、马如龙、杨振鹏等正式向清政府投降。第三次围攻昆明在最后一刻又这样*了。
投降后，清政府授予马如龙“署理总兵”的官职，授予马德新“二品伯克”之衔。此后，马德新、马如龙数次对滇西的杜文秀进行劝降，均以失败告终。由此可见，马德新、马如龙等人并不是真正的反清派，而是迫于无奈，以围攻昆明为手段来达成自己的政治诉求；而杜文秀则是彻彻底底的反清派。
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