即使这样，已经风雨飘摇的满清也没坚持几天就被辛亥革命撼动，宣统三年（1911年10月），迫于辛亥革命的形势，隆裕太后无奈降懿旨辞去载沣监国摄政王的职位，任命袁世凯为内阁总理大臣，成为直面政局的最终决策者。12月7日，隆裕太后和内阁总理大臣袁世凯在养心殿进行了长达1个小时的长谈。隆裕太后当时对袁世凯说：“余一切不能深知，以后专任于尔” ，并任命袁世凯为议和全权大臣，委托唐绍仪为议和代表，负责与南方各省进行和平谈判。
但当时野心极大的袁世凯哪肯真心为清王朝出力，他凭借手中的北洋军，一面与革命军讨价还价，另一面却忽悠隆裕太后母子，形成了只有体面的退位才能保全隆裕母子的皇家利益。最终，隆裕太后只得替溥仪做出有条件退位的决定。
溥仪最初退位时，隆裕太后心情郁郁寡欢，同时，为了节俭开支，她下令逐渐裁汰内宫的宫女太监等人，此举使她遭到被裁汰宫人的埋怨和诽谤。在这种情况下，原同治帝的遗妃瑜妃便开始在宫内收买人心，这使得宫女太监等人愈加厌恶宫中之主隆裕太后。1913年，在隆裕太后的“万寿日”（生日）时，只有袁世凯专使梁士诒以外国使节礼仪对其祝贺，其余宗室王公多半不肯入贺，凄凉景象使其内心悲恸不已。在这种内外负面情绪的影响下，隆裕太后过完生日后，竟一病不起。不久，就在同年2月22日在长春宫薨逝，享年46岁。
隆裕太后在临去世时，身边很凄凉，只有溥仪、世续，以及二三个宫女在身边。在断气之前，她对世续说：“孤儿寡母，千古伤心，睹宫宇之荒凉，不知魂归何所。”然后又对溥仪说：“汝生帝王家，一事未喻，而国亡，而母死，茫然不知。吾别汝之期至矣，沟渎道途，听汝自为而已。”扔下这两句凄凉的死别之语后，隆裕太后就停止了呼吸。
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