在抗战时期，马衡先生护送国宝南迁、西迁及回归。在解放战争时期，更是顶住各方压力，护得国宝没有外流。
1952年，已经是古稀之年的马衡先生离开了故宫博物院，将其个人收藏的400余件珍贵文物，捐赠给了他奋斗一生的故宫博物院。
第三任院长：吴仲超（任职期间1954-1984年）
吴仲超先生是故宫博物院走向现代化的奠基人，在他接手故宫之时，故宫突出问题很多：垃圾成山、河道阻塞、机构设置不合理、建筑和文物破损严重。
吴仲超先生从清理故宫垃圾入手，共运出垃圾、乱砖、积土等25万立方米；又疏通故宫河道、绿化环境，对午门雁翅楼、后三宫、角楼等多处建筑进行修缮和油饰。
在后来溥仪来故宫参观时，都对卫生环境极为赞叹。
同时还增设了文物修缮、学术研究、出版社等部门，并对故宫的藏品进行了整理清点工作。
第四任院长：张忠培（任职期间1987-1991年）
张忠培先生是我国著名的考古学家，对故宫博物院的文物保护工作，作出了极为突出的贡献，从大批的高等院校引入专业人才，对文物进行修缮和清点。
重新确定了故宫的保护范围，将紫禁城护城河及其外延纳入其中。
同时还与南京相关单位，沟通交涉抗战时期，留存于南京的文物交接事项。
