魏晋南北朝的400年间，是一个分裂动荡的时期，战争频繁，政权更迭，皇权衰落。另一方面，从东汉后期起，一些豪强大族的势力迅速发展，到这一时期形成了一批高门望族。魏晋南北朝选官大多行九品中正制，中正官品评人物的标准单凭门第出身，出现了「上品无寒门，下品无世族」的现象，一些家族甚至可以累世为高官。世家大族在皇权衰落时，世袭垄断各种特权，影响甚至制约了皇帝对重大军政的最后决策。门阀势力最盛的东晋时期有「王与马，共天下」之说。而在动荡岁月里，为了提高官僚组织的行政效率，同时也为了与世家大族的势力抗衡，皇帝愈来愈依赖本来作为秘书性质的尚书、中书、侍中等官员，他们有很多出身寒门，导致大多出身于世家大族的「三公」权力不断被侵蚀和分割，而尚书等官员所在的机构尚书省、中书省、门下省，慢慢变成了真正的宰相机构，形成了隋唐「三省制」的雏形。所以，魏晋南北朝的官制是秦汉「三公九卿制」向「三省六部制」发展的过渡时期。
九品中正制:魏晋南北朝时的选官制度。在州郡设中正官，由该州郡在朝廷任职的人担任，负责察访本州郡士人，根据他们祖先做过的官以及本人的才能，划分为上上、上中、上下、中上、中中、中下、下上、下中、下下九个品级，然后向朝廷推荐。朝廷对他们依品授官，品第愈高，官愈大。
西晋建兴四年（公元316 年），匈奴人刘曜攻占长安，湣帝出降被俘，一年后被*，西晋灭亡。次年三月，琅邪王司马睿即晋王之位，改元建武，东晋（公元317—420 年）成立。东晋初年政局未稳，晋元帝威名未着，倚赖世族王导为相，总揽朝政，其兄王敦主军事，其他王氏子弟也多位居要职，时人谓之语曰：「王与马，共天下」。
「三省制」是指三省长官：即尚书令、中书令和侍中并为宰相的一种制度，在魏晋南北朝时期已经有了雏形。尚书原先是在宫中为皇帝收发文书的小官，皇帝有时也请他们帮助审阅文书。因为他们比宫外（或称外廷）的丞相等官员接近皇帝，皇帝有什么事让他们去办比找宫外官员来得方便。久而久之，皇帝委托他们办的事愈来愈多，机构也愈来愈庞大，到西晋时成了真正的宰相机构「尚书省」。侍中则本来是宫中负责内勤的侍从官员，在尚书被重用的过程中，由于事务繁冗，为了提高效率，皇帝就让侍中帮助尚书省审阅上奏文书，逐渐形成了专门的机构「门下省」 。曹魏时，为了分担尚书省事务又设立了「中书省」，主要负责撰写诏令。三省相继出现，三省的长官都成为了真正的宰相，不过魏晋南北朝时期，各朝对三省倚赖程度不一，魏晋重尚书，南朝重中书，北朝重门下。不论哪一种官受重用，「三公」的影响都不断被削弱，最后完全变成了虚衔。在几百年的演变中，三省的职能也发生了分化，决策权逐渐转移到中书和门下两省，尚书省则保留了行政权。这种职能分化的结果到隋唐正式确立下来。另外，这一时期亦有丞相一职，一般权力都很大，如曹操与诸葛亮等，但那是特殊情况下造成的。
丞相是西汉前中期时候宰相的正式官号，西汉后期改丞相为「司徒」。东汉宰相为「三公」，多称「司徒」、「司马」、「司空」。魏晋南北朝时，「三公」的权力受侵蚀，尚书、中书、门下省渐渐成了宰相机构。但这一时期反而有丞相一职，既不属于「三公」，也非三省官员。他们有两种类型：（一）曹操式的权臣。他们控制皇帝，往往自立为丞相，有时皇帝害怕他们，主动授予他们丞相官号。这些丞相或他们的儿子，到后来经常废掉皇帝自立。除曹操外，当过这类丞相（或称相国）的还有西晋开国君主司马昭、南朝开国的四个皇帝、北魏的高欢、隋文帝杨坚等。（二）诸葛亮式的大臣。他们受皇帝器重，皇帝将军国大政委付给他们，君主有时反而不怎么管事。这类丞相虽然权力大，但都兢兢业业，不会篡位，是真正的宰相。除诸葛亮外，还有吴国的顾雍、陆逊、十六国中前秦的王猛等。两种类型的丞相，权势都很大，但都是特殊时期的例子。
先秦时期盛行的世官制瓦解后，战国时期与秦代在挑选人才方面主要靠事功，不以血统或出身为用人依据。到汉代则采用「察举」和「征辟制」，从民间挑选人才。郡守以上的高级官员、刺史，以及皇帝临时委派的特使，会根据一些科目，如「贤良方正」、「孝廉」等，来考核下级官吏和平民，将表现好的向上推荐，这在当时叫「察举」。对一些有名望的人，皇帝可以不经过察举直接征聘，高级官员也可以这种形式聘用一些僚属，这在当时叫「征辟」。汉代黄巾军起义后，察举制难以维持。曹魏时经陈群建议，实行九品中正制。后来，官员等级定为九品也是由此形成。当时门阀势力很强大，中正官本身就是世族中人，就像察举、征辟制时豪强大族子弟必然会成为察举征辟的对象一样，这时的世族子弟也必然被列入高品，出身低微的士人只能列入低品，这就是谚语「上品无寒门，下品无世族」的由来。到了隋唐，才转用更加公平、客观的科举选拔形式，取代了九品中正制。
