整个魏晋南北朝的制度实际是在东汉制度上的进一步发展，魏晋南北朝的特点是门阀政治社会。东汉以来的士族豪强发展为一个强大的门阀势力，可以跟皇权相抗衡，所以他们和皇权之间的又联合又斗争构成这一段历史的主要内容，同时也是这个时期中枢发展变化的主要内容。魏晋南北朝时期所谓中枢制度的变化就是在东汉基础上发生变化，但其中有一个新出现的机构即中书省。
上图是关于隋唐的三省六部，这时出现一个中书省，中书省是曹魏的时候出现的，中书省跟汉武帝时候的中尚书的中书没有关系。曹操明为汉臣，实为汉贼，他有篡权之心，按翦伯赞先生讲他是把皇袍当成内衣穿，他在汉献帝的时候一直担任司空、丞相，到他死的时候也没有称帝，但实际上皇帝的诏令、国家的决策都由他来决定。那么谁来帮他决策？是他的下属机构，原来在他称魏王、魏公以后设立一个秘书监，秘书监有专门起草诏书的官吏，起草诏书以后再送到汉献帝那里变成汉献帝的诏令。曹丕篡夺汉朝建立魏国，在秘书省的基础上成立中书省，这就是中书省的来源。这样在魏晋南北朝时期除了尚书省以外又有中书省，还有由原来内朝发展起来的门下省，就变成三省鼎立。
魏晋南北朝时期三省制度还没有完全确定下来，但是基本分工是有的，中书省替皇帝起草文书、诏令。最初由门阀大族担任中书省的长官，中书省的长官叫中书监、中书令，当了中书令以后，权力非常显赫。西晋的荀勖，在西晋一朝连续当了26年的中书监，后来升为尚书令，当时按说中书监升尚书令是升官，很多人跑去祝贺他，他很不高兴，因为他失去中书监的位置心里正闷闷不乐，他说“夺我凤凰池，诸君贺我邪！”中书监的位置有风凰池之称。什么叫风凰池？就是说进中书监以后飞起来就是一只凤凰，他说你们把我风凰池都夺掉了，还来笑话我，来讽刺我，来看笑话呢！说明当时非常重视中书监的职位，这个职位开始有了掌握机密的说法，汉代的时候没有掌握机密这样的说法，到了魏晋南北朝以后，凡是参与决策的一般都有参与机密这样的说法，中书监是参与机密的，这说明它是一个决策机构。
门下省职权当时分成两个方面，一个方面侍奉皇帝，给皇帝出谋划策，另外一方面评审尚书事，对尚书事审阅提出意见。除此以外，还有一个重要的权力这时发展起来，就是可以驳回诏令。中书省替皇帝起草诏令以后，他认为不好、不合适的可以驳回，让中书省重拟诏令。实际上中书省的诏令是已经经过皇帝的同意以后才发到门下省，但是门下省可以把诏令驳回。这时门阀势力非常大，可以跟皇帝抗衡，所以门下省的权力就发展起来。
东晋简文帝快死的时候，他叫中书起草一个诏书，让大司马桓温摄政，当时门下省的长官王坦之拿着这个诏令到皇帝病床跟前，当着皇帝的面把它撕了。王坦之说天下是“宣、元之天下”，宣就是宣帝司马懿，元就是东晋的第一个皇帝元帝司马睿，陛下不能专之。皇帝没有办法就让王坦之重新把诏书改动。因为桓温是东晋权臣，他有觊觎朝政之心，但是政治集团势力斗争很激烈，互相平衡，王氏不满桓氏要夺权，他要制裁一下桓氏，所以就采取驳回诏书的方法。这个例子体现当时门下省在决策当中的权力有所上升。
在魏晋南北朝以后，起草诏书、审核诏书是由中书省和门下省来掌管，尚书省跟起草诏书、审核诏书没关系，而且它是在宫外，其他两个省是在宫内，宫内接近皇帝，更容易受皇帝信任，所以这个时候尚书的权力有一个缓慢渐变的过程。
尚书台原来是权力最高的机构，这时虽然发生变化，但是尚书的地位还是非常高，并没有一下子因为离皇帝远了，就不是宰相，名义上还是宰相，而且也不能认为所有的尚书台完全被剥夺执政的权力，实际上还有参与决策的权力，因为还是收纳全国章奏的地方，在收纳章奏呈送皇帝章奏的时候都要提出处理意见的，还是保留一部分参与决策的权力。三省在魏晋南北朝期间地位高高低低，起起伏伏，但是这个决策机构没有超出三省之外。
当然，在这个时期，由于北方的少数民族势力强大，而且逐渐迁入内地，有些民族在内地建立政权，一直到北魏、五胡十六国，他们在内地建立政权以后，所施行的政策往往带有本民族的一些特点，但是不久也都汉化，也都以三省作为统治核心，所以三省制在魏晋南北朝的发展是历史发展的必然，是不可逆转的。经过这么一段时间的发展，可以说隋唐确立了三省制，但是它是有发展过程的。
隋唐三省制包括中书、尚书、门下，是参与决策机构，实际上当时隋朝规定三省长官同为宰相，中书令、尚书令（因为唐太宗李世民当过尚书令，唐代就不再设尚书令，叫尚书仆射）、门下省的长官侍中三省长官同为宰相，每天上午在政事堂对国家大事进行讨论，当然讨论的时候是要从皇帝那里取得旨意，取得讨论的题目，然后来讨论，讨论完了以后下午回各省办公，把会精神、会议决定由中书省起草诏书，交门下省审核，门下省通过了，就可以作为正式的诏书发布。当然中书省在起草诏书的时候要经过皇帝的认可，皇帝要认可，就在上面批一个敕，然后交给门下省。门下省审核，如果认为不合格，就打回中书省，再重新起草，起草完了按照程序再交给门下省，门下省最后没有意见，就发给尚书省。尚书省也有驳回的权力，如果合适，就制定施行诏令的措施、办法，发布到有关部门有关地方去实行。
三省制应该说是从三公制以来，发展到隋唐时候最科学、最系统的一个政治制度。三省组成一个有机联合体，三省之间不仅有联系、互相合作，还互相监督、互相制衡，分中有合，合中有分。三省具有较高的行政能力，而且三省制较好地处理了君臣之间的关系，当然这也要得益于当时有好的君主，三省制度再好，如果当时的君主不好也不行，而当时出了一个唐太宗。
汉、唐是中国历史上的两座高峰。唐代在唐太宗“贞观之治”的时候，政治、经济、文化各方面都取得一系列成就。唐太宗非常坚持三省制，使得中国古代宰辅制度到唐代发展到一个最好的时期。唐代以后政治制度虽然继续变化，但是随着专制统治的加强，宰辅制度在以后历代经常受到践踏。比如说到了明代，朱元璋废除丞相制度，后来不得不以内阁大学士来代替丞相，但是内阁大学士开始的时候只是皇帝的秘书，内阁实际上只是皇帝的秘书处。到了清代，开始的时候沿用明代的内阁，到雍正的时候又建立军机处，军机处也是皇帝秘书的身份，虽然号称宰相，但是由于在皇帝直接控制下，权力很有限。
