文史公曰：内忧外患下焦头烂额的北洋政府，是时冯玉祥的国民军与奉系军阀正在作战，战火延烧到大沽口。日英美等八国要求段祺瑞政府撤除大沽口国防设施，段虚与委蛇。苏联和国共两党发动群众，反对“八国通谍”，反对段政府的软弱。在游行期间，段祺瑞的执政府内人员担心局势失控，于是命令预伏军警以武力驱散游行队伍，造成了当场死亡47人，伤200多人的惨剧。鲁迅称这一天为“民国以来最黑暗的一天”。此事件二十天后直接导致了鹿钟麟政变，段政府倒台，奉军占领北京。
3月18日，北京群众五千余人，由李大钊主持，在天安门集会抗议。大会决议：“通电全国一致反对八国通牒，驱逐八国公使，废除一切不平等条约，撤退外国军舰，电告国民军为反对帝国主义侵略而战。”要求把八国公使赶出中国，并撕毁《辛丑和约》。
大会由徐谦、顾孟余、李大钊等公开或暗中主持。最后大会一共通过了八条决议。组织者又一次要求与会者去国务院示威。群众不愿意去，害怕被镇压。李大钊登台高呼：“大家不要害怕，他们不敢把我们怎么样！”但与会者中仅有数百众跟随前往。作为参与者的李葆华（李大钊儿子）回忆说：“由于前一天曾发生过流血事件，我们特意做了准备。每人做游行示威的小旗时，都挑选了较粗的棍子当‘旗杆’，用以自卫。”
大会结束后，游行队伍由李大钊率领。一时群情激昂，呼啸冲向国务院。按预定路线，从天安门出发，经东长安街、东单牌楼、米市大街、东四牌楼，最后进入铁狮子胡同（今张自忠路）东口，在段祺瑞执政府（今中国人民大学清史研究所）门前广场请愿。
示威群众公推代表去向卫士长交涉，要求开门放队伍进去，并请段祺瑞和国务总理贾德耀出来见面。在执政府内开会的总理贾德耀等人知难而退，从侧门离开。而事件发生时段祺瑞并不在执政府。
这时执政府卫队长乃下令开枪。墙里头最先打响了三枪。枪声骤起，群众前逃后冲，秩序大乱。有记者披露，示威者有人执带铁钉的棍子并抢士兵的枪，《临时执政令》则认为游行者“闯袭国务院，拨灌大油，抛掷炸弹，手枪木棍，丛击军警。各军警因正当防卫，以致互有死伤。”被击毙学生和市民达47人。伤者150余人，包括两名便衣警察、一名卫兵。死者中有北京女子师范大学学生刘和珍，李大钊和陈乔年也负伤。北京的防卫是由冯玉祥手下五虎将之一的鹿钟麟的军队主要负责。
有来源称段祺瑞在知道政府卫队打死徒手请愿的学生之后，随即赶到现场，面对死者长跪不起，并从此终生食素，以示忏悔。也有来源称三一八当天段祺瑞没有去现场。
3月18日，段祺瑞及北京国务院通电谓本日惨案乃徐谦等鼓动所致，下令通缉徐谦、李大钊、李石曾、易培基、顾孟余五人。朱家骅、蒋梦麟、鲁迅（周树人）等几十人也上了黑名单。徐谦等乃避入苏联使馆。李大钊、鲁迅等人被迫转移，国共两党领导机关则迁入苏联使馆。这就为后来张氏父子查抄苏联使馆契机
3月19日，各地舆论纷纷谴责国务院门口屠*。3月20日，北京政府自知理屈，国务总理贾德耀引咎辞职。执政段祺瑞亦明令抚恤死者，医治伤者。同日，中共中央发表《为段祺瑞屠*人民告全国民众书》，号召“全国商人、学生、工人、农民、兵士，应急起联合起来，不分党派，一致奋斗，发动一个比‘五卅’运动更伟大的运动，以雪最后通牒之耻”。
3月23日，北京各界人士、各社会团体、各学校齐聚北京大学大操场，为亡灵们举行“三一八死难烈士追悼大会”。鲁迅题写挽联：“死了倒也罢了，活着又怎么做。”后又就此惨案连续写了七篇檄文。由刘半农作词、赵元任谱曲的哀歌唱遍京城。
强大民意压力迫使段祺瑞政府召集非常会议，通过了屠*首犯“应听候国民处分”的决议；京师地方检察厅对惨案进行了调查取证并正式认定：“此次集会请愿宗旨尚属正当，又无不正侵害之行为，而卫队官兵遽行枪毙死伤多人，实有触犯刑律第311条之重大嫌疑。
1926年4月9日，鹿钟麟率国民军以段祺瑞暗通奉系为罪名包围国务院，段祺瑞逃入东交民巷法国使馆，执政府倒台。4月17日奉军占领北京。奉军进京后查封《京报》馆和一批报刊，邵飘萍于4月26日清晨被秘密处决。张学良逮捕了共产党员郭隆真，然后派奉军闯进北大、女师大、中俄大学等，大肆查禁书刊，搜捕反对人士。
