但是，启蒙思想在传播过程中，出现了一定的偏差与问题。例如在政治思想上，启蒙运动期间出现了严重的个人主义与民主思潮之间的矛盾。
启蒙思想家们主张建立一种人人平等、相互尊重、相互信任和相互宽容的社会模式。但在大革命之后，他们却提出了以个人利益为中心、限制政府权力等问题。
启蒙思想家们认为：“民主是人类最古老而又最高贵的价值之一。民主可以被认为是一种价值观或信仰，它能让人们以平等和公正对待他们；它可以是一种生活方式或信仰方式，它能让人们拥有自由、独立和自我保护的能力；它还可以被理解为一种基本权利或一种义务，它能让人们享有平等和自由。”
这一系列观点让人感到十分困惑与难以理解：一方面，启蒙思想家们主张人人平等、相互尊重、相互信任和相互宽容；另一方面却又强调个人利益和个人权利高于一切。这样就使得人们对启蒙思想产生了一定程度上的怀疑和批判。
而在经济思想上，启蒙思想家们主张废除封建土地制度，这就使得农民的土地问题得到了解决，而地主的封建经济也会受到打击。但是，法国大革命却并没有意识到这个问题，在革命胜利后，法国资产阶级政府不但没有对农民进行相应的保护，反而还实施了一系列残酷的压榨政策。
随着法国资本主义的不断发展，农业资本主义和工业资本主义逐渐兴起。随着资产阶级经济势力不断壮大，法国逐渐成为了欧洲的霸主之一，并在欧洲建立起了一个庞大的殖民帝国。但是，法国资产阶级在扩张过程中却没有考虑到这些问题。
例如：在殖民扩张过程中，法国资产阶级为了保护本国的利益，甚至不惜发动战争来维护本国利益。可以说，法国资产阶级在扩张过程中表现出的自私与贪婪是不符合历史潮流的。
在文化思想上，启蒙思想家们主张用理性来控制感情并将其用于对社会问题的思考。但是在大革命胜利后，法国资产阶级却开始逐渐抛弃理性思维来进行统治。启蒙运动时期倡导的理性思维被彻底抛弃了。
