东晋很难称为南朝的一个重要原因，是因为东晋时缺少像金朝这样稳定的北朝。东晋立国初期，北方自西晋八王之乱后的形势依然异常混乱。以公元320年为例，东晋的北界在黄河——秦岭一线，西有成汉，北有后赵，关中还有前赵，大西北还有个前凉。四五分裂的形势，很难有一个大型王朝与东晋并称南北朝。
当然，东晋历史也确实存在过与北朝一个大型王朝对峙的时期。比如自公元329年之后，后赵吞并了前赵，控制了中原地区，而东晋又在公元347年灭掉了割据西川的成汉。在这个时期，后赵与东晋可以称为南北朝，但对峙时间实在太乱。
公元350年，后赵皇帝石虎死后中原大乱，各种枭雄争霸（北方的）天下。北方又恢复了东晋前期那种杂乱无章的混乱书面，冉闵称魏，前燕在东北虎视眈眈，苻洪在关中建立前秦，前凉依然坚守大漠。此时，东晋的北线又恢复到了黄河——秦岭一线，再称南北朝，名不符实。
随着前燕灭掉冉闵，基本控制了黄河（南北走向）以东、淮河以北，前秦统治关中，也不具备称南北朝的条件。有人会说南北朝后期的北周、北齐、南陈和秦燕晋相类似，为何可以称为南北朝？周齐陈是南北对峙的历史遗留产物，均脱胎于稳定的北朝和南朝系统，又处在南北对峙的末期，再将此段历史踢出南北朝另寻名称，也颇为不便。
