他们撞向了客舱里的劫机者，并且试图进入驾驶舱，在驾驶舱内的劫机者发现客舱里的动乱。他们用阿拉伯语进行了简短的商议，如果让乘客们用飞机斧将舱门砍破，那他们就无法顺利控制飞机上的所有人员。于是他们*害了乘务员，并且操纵着飞机不停地起落，试图阻止乘客们进入驾驶舱。
9点59分，乘客们推过一辆餐车，开始猛砸驾驶舱的门。驾驶舱内的一名恐怖分子问：“我们是否现在就坠毁飞机？”另一人回答说：“如果他们冲进来，那我们就立刻坠毁。”
在大约10点左右，一名乘客向其他人大声呼喊：“我们必须得冲进驾驶舱！不然我们就都会死。”这是最后的奋力一搏，乘客们开始继续砸门。此时在驾驶舱内的恐怖分子明白，他们的目的可能无法达成了，飞机现在无法撞向任何一个目标，于是他们切断了客舱内的氧气，在高呼着真主的同时，将飞机撞向了地面。
此时纽约的世贸南塔刚刚坍塌不久，这架编号为联航93的民航飞机就在宾夕法尼亚州的乡下地区坠毁了。小布什接到这个消息以后，一度以为这架客机是在他的命令下被美国空军击落的。但是后来人们才从黑匣子记录的信息知道，飞机上的乘客在得知其他飞机的遭遇后，和劫持飞机的人进行了生死搏斗，劫匪在控制飞机无望的情况下，将飞机撞向了地面。按照这架飞机的飞行路线来判断，他的攻击目标应该是位于华盛顿的——白宫。
此时的小布什乘坐着空军一号在离开佛罗里达州之后于11点45分降落在了路易斯安那州的巴克斯达勒空军基地。小布什刚下飞机，就立刻被全副武装的士兵包围保护起来，然后乘坐一辆军用悍马被护送到了基地大楼，在这里短暂的停留后小布什重新乘坐空军一号离开。有人说这段中断的行程是因为空军一号没有录制讲话的条件。
下午2点50分，空军一号降落在了内布拉加斯的奥法特空军基地，在这里的地下掩体中，小布什和国家安全小组进行了袭击后的第一视频会议。在会上，小布什严肃地问道，这件事情究竟是谁*。中情局局长回答说，现在还不能百分百确定，但是极有可能是基地组织。
开完安全会议后，小布什不顾安全特工的劝阻，他执意要回到华盛顿。因为他不愿意让民众觉得自己是一个胆小的总统，在美国遭受袭击的时候，不能勇敢地站出来，而是为了安全躲在一个地下掩体中。他要回到白宫的办公室里，在这个专属于他的地方向全国观众发表讲话。
晚上8点30分，小布什在白宫的办公室里发表了全国讲话，在讲话中小布什宣布，针对此次袭击的调查已经在进行当中，他还特别强调，对于发动此次攻击的组织人物，以及包庇组织头目的人，我们将一视同仁。
在最新的统计中，“911”事件一共造成了2996人丧生，这是自珍珠港事件后，美国本土遭遇的最大规模袭击，在这份死亡名单里面，还包括了343名消防员。事情发生以后，有绝大多数国家都发表了声明，谴责了这次袭击。其中包括了那些与美国长期敌对的国家，如古巴、伊朗、朝鲜。
但是对于长期被美国针对的萨达姆来说，“911”事件无疑是一件让他感到高兴的事，伊拉克政府甚至在官方声明中表示：“911”事件是美国对人类犯下罪行所结出的恶果。
但是在事件发生后的一个月时间里，没有任何人出面承诺要对此次袭击负责。FBI用尽了各种办法锁定了劫机者的身份，9月14日，在事件发生后的72小时以后，FBI公布了19名劫机犯的名字，根据一些非常松散的证据，美国政府认定本拉登和他领导的基地组织就是“911”事件的策划者。
如果要用一个词语来形容此时美国民众的反应，那就是群情激奋。人们汇集在坍塌的世贸大厦前，有人在世贸大楼上挂起了美国国旗，旁边的标语写着：我们永远不会忘记。事件发生后的第三天，小布什来到了世贸双塔倒塌的现场，他必须要抚慰民众的情绪。他一露面就立刻被安保人员围住，当他从拥挤的人群中穿过时，周围人不停地问他，我们是否会进行反击？
小布什爬上了一座废墟，有人递给他一个扩音器，他在这里郑重地向所有人承诺：那些策划此次袭击的人，将会很快听到我们的回应。在查看五角大楼撞击现场的时候，小布什难以抑制自己的冲动，他当众发下毒誓：哪怕不惜任何代价，美国也要对本拉登进行生死通缉。无疑这种充满了激情的言论，就是当时的美国民众最想听到的话。
此时的本拉登正生活在阿富汗塔利班政权的庇护下，塔利班是90年代阿富汗内战中出现的一个极端组织，他们现在已经控制了全国绝大部分地区。9月20日，美国向塔利班政府发出了最后通牒，要求他们交出本拉登。但是塔利班拒绝了这个要求，他们反而要求美国，提供本拉登和“911”事件有关的证据。塔利班政府还表示，即便美国人真的拿出了证据，本拉登也只能在阿富汗的法庭上接受审判。美国政府对此的回应是拒绝接受任何形式的谈判。
9月26日，在世贸大厦倒塌后的第15天，美国的7名中情局特工乘坐着一架直升飞机，他们此行的目的地是位于阿富汗北方的一个十分偏僻的山谷。除了必要的武器装备外，他们携带了大量的美元。在这里，中情局特工和阿富汗北方联盟的*取得了联系。
北方联盟是由阿富汗三个主要的民族所组成的，为了共同对抗塔利班而组成的军事联盟。但此时的北方联盟在这场对抗中处于极为弱势的地位。美国特工告诉北方联盟的*，美国将会为他们提供无尽的空中火力支援，以及数不清的武器和装备。同时作为交换条件，北方联盟需要派出地面部队和塔利班作战，北方联盟很愉快地就接受了美国开出的条件。
